SCHNEIDEROVÁ, A. Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Magisterská práce Bc. Anny Schneiderové se zabývá vývojem workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických (MS) dat v prostředí KNIME. Studentka měla za úkol seznámit se se základními přístupy v kontrole kvality MS dat z proteomických experimentů a následně navrhnout, sestavit a otestovat jednotlivé kroky workflow v prostředí KNIME pro automatickou kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat. Studentka navrhla počáteční sadu metrik pro kontrolu kvality a bylo vyvinuto samotné workflow do budoucna škálovatelné co do počtu sledovaných metrik i přístroje, ze kterého MS data pochází. Automatizace byla realizována částečně vlastními skripty a také KNIME uzly. Jednotlivé metriky kontroly kvality jsou ukládány do databáze pro možnost dalšího zpracování a vizualizace. Studentka při vypracování práce i tvorbě workflow pracovala samostatně a aktivně diskutovala implementační detaily s ohledem na praktičnost, stávající interní nastavení a možnosti automatizace daného workflow v prostředí centrální laboratoře. Práce byla řešena na pracovišti: Výzkumná skupina Zbyňka Zdráhala - Mendelovo centrum genomiky a proteomiky rostlin - Středoevropský technologický institut
Paní bakalářka vypracovala diplomovou práci na téma Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME. V rámci práce pak vytvořila velmi dobře anotovanou pipelinu pro analýzu proteomických dat v obdivuhodném rozsahu, která umožní konzistentní a reprodukovatelné zpracovaní dat v proteomické core facilitě CEITEC MU. K praktické části práce mám pouze jedinou poznámku, a to je volba anotace samotného workflow v českém jazyce. To může být drobnou překážkou v budoucím využití a může způsobit chyby na straně uživatele vzhledem k mezinárodnímu charakteru univerzitního prostředí. Celkově je však praktická část velmi dobrá, a to se týká i textové části práce, která se praktickou částí přímo zabývá (kapitoly 3 a 4). Nedostatkem práce je však teoretický úvod a literární rešerše. Celá rešerše podle mého názoru příliš důsledně kopíruje postup a metody používané přímo na pracovišti, kde byla práce vypracovaná. V literární rešerši mi lehce chybí globálnější pohled na proteomické analýzy s větším srovnáním různých přístupů používaných v soudobé literatuře. Jako největší nedostatek však považuji ne vždy dostatečně ocitované pasáže textu. V literární rešerši se vyskytují celé podkapitolky bez jediné citace (příkladem: 1.3.1. Identifikace peptidů: Peptidové mapování, De novo sekvenování, MS/MS databázové prohledávání, a jiné). Celkově si však myslím, že práce splňuje všechny požadované body pro diplomovou práci a jako takovou ji doporučuji k obhajobě s bodovým ziskem 80 bodů ze 100.
eVSKP id 142101