KROUPA, Š. Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2020.
Ve své bakalářské práci se Štěpán Kroupa věnoval analýze sekvenčních dat z celogenomové sekvenace C. necator. Ve své práci použil celou řadu in silico nástrojů k analýze genomu a pokročilé srovnání změn genomu po evoluční adaptaci. Výborně zvládl práci s velkými objemy sekvenačních dat a úspěšně charakterizoval rozdíly mezi třemi sekvenacemi C. necator. Při samotném vypracování textové části své bakalářské práce prokázal dobrou orientaci v literatuře a řešené problematice a vypracoval kvalitní jak teoretickou část, tak úspěšně prezentoval výsledky analýz. Pro úspěšné zvládnutí, prezentaci a aktivní přístup studenta hodnotím práci jako výbornou - A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | B | ||
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A |
Student Štěpán Kroupa se ve své bakalářské práci věnoval bioinformatické analýze dat získaných NGS sekvenací bakteriální kultury C. necator H16 na vybrané stresové faktory. Práce je vypracována na 51 stranách, student celkově čerpal ze 79 literárních zdrojů, převážně článků v zahraničních odborných časopisech. Citace literárních zdrojů je v souladu s příslušnou normou. Po textové stránce je práce na vysoké úrovni. Student vypracoval dobře čitelný text s jasnou logickou strukturou, prostý nadměrného množství gramatických nebo stylistických chyb případně nešikovných formulací. Ke struktuře textu mám jen drobnou připomínku – osobně bych kapitolu 4 doporučil rozdělit na dvě menší části. První část by se věnovala metodickému popisu práce a text od kapitoly 4.8 bych pak zařadil jako kapitolu 5 – Výsledky a diskuze. V teoretické části práce se student věnuje postupům používaným při bioinformatické analýze NGS dat a částečně také popisu metabolismu PHA a souvisejících genů u bakterie C. necator. Osobně bych očekával, že druhému tématu bude věnována trochu větší pozornost a bakterie bude představena šířeji, nejen v kontextu metabolismu PHA. Příliš ani nerozumím smyslu obrázku 1, který není v textu výrazně komentován. Nicméně celkově je teoretický úvod na velice solidní úrovni a prokazuje, že student popisované problematice rozumí a má na ni i odborný názor, což není u BP samozřejmé. Praktická část práce popisuje provedené analýzy a zároveň presentuje a diskutuje výsledky. Přestože popisované postupy nejsou triviální a ani výsledky nejsou interpretačně snadné, je nutné ocenit, že text působí lehce a velice čitelně, jednotlivé kapitoly na sebe navazují a autor čtenáře přirozeně provede celou praktickou částí práce. Rád bych ocenil diskuzi výsledků, kdy se autor pokusil najít propojení mezi identifikovanými mutacemi a metabolismem PHA. Osobně si myslím, že vzhledem ke komplexnímu charakteru metabolismu, se mutace transkripčních regulátorů může projevit nejen u TCA, ale u řady dalších metabolických drah souvisejících s PHA. Ale tento drobný interpretační nedostatek nijak nesnižuje vysokou kvalitu praktické části práce. Celkově tedy doporučuji práci k obhajobě a hodnotím známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A |
eVSKP id 123816