PÉČIOVÁ, B. Molekulární diagnostika přítomnosti probiotik v fermetovaných potravinových matricích rostlinného původu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.
Cílem předložené bakalářské práce bylo identifikace probiotik pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) ve fermentovaném potravinovém rostlinném produktu. Práce je rozdělena na teoretickou a experimentální část. Teoretická část přehledně shrnuje současné poznatky v dané problematice a je logicky dobře členěna do kapitol zahrnujících základní poznatky a informace nezbytné k pochopení problematiky daného tématu. Experimentální část přehledně prezentuje výsledky molekulárně-genetických analýz, které zahrnovaly zvládnutí základních technik nezbytných pro práci v molekulárně biologické laboratoři. Prvním cílem bylo porovnat dvě principiálně různé techniky izolace a bakteriální DNA, která může být dále uchována nebo využita pro další aplikace, např. pro PCR. V rámci druhého cíle byla prokázána techniky PCR a specifických primerů přítomnost bakteriální DNA rodu Lactobacillus ve fermentované kapustě domácího i komerčního původu. Závěrečná diskuze získaných výsledků je na vysoké úrovni a společně s rozsáhlou literární rešerší a logickým uspořádáním experimentů svědčí o autorově erudici v daném tématu. Závěrem lze konstatovat, že předložená práce splňuje všechny formální i praktické náležitosti kladené na diplomovou práci a proto ji doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | B | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A | ||
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A |
Předložená bakalářská práce je zaměřena na detekci probiotických bakterií v komerčním a domácím kysaném zelí. Celá práce je logicky členěna a je podložena padesáti pěti literárními zdroji, z nichž převážnou většinu tvoří poměrně aktuální zahraniční publikace. Teoretická část je jazykově i obsahově na dobré úrovni, pouze na několika místech se vyskytují drobné nepřesnosti či nevhodně přeložená slova (např. v kapitole 2.12.2, pojednávající o principu PCR, je termín „annealing“ přeložen jako „žíhání primerů“, vhodnější by bylo použít výrazy jako hybridizace, připojování, či nasedání primerů). Nejzávažnějšími formálními nedostatky celé práce jsou špatné citace literárních zdrojů (uváděné za tečkou a pouze na konci každé podkapitoly) a posunuté číslování hlavních kapitol práce, kdy za teoretickou částí (kapitola 2) následují kapitoly 4-8. V rámci experimentální části byla dvěma různými metodami izolována ze šťávy z kysaného zelí DNA, u které byla následně spektrofotometricky stanovena koncentrace a čistota. Pomocí konvenční PCR byla ve šťávě z kysaného zelí úspěšně prokázána jak přítomnost bakterií obecně, tak i přítomnost rodu Lactobacillus. Výsledky experimentů jsou prezentovány ve formě elektroforeogramů a přehledných tabulek. Výsledky konvenční PCR jsou interpretovány správně. U výsledků agarózové gelové elektroforézy genomové DNA ovšem postrádám komentář týkající se intaktnosti či degradace této DNA. Připomínku mám také k závěru vyvozenému z výsledků spektrofotometrického stanovení koncentrace a čistoty DNA, kdy autorka uvádí, že podle hodnoty poměru absorbancí A260/A280 vykazovaly izoláty DNA získané kolonkovým kitem vyšší čistotu než izoláty získané fenol-chloroformovou extrakcí. Při srovnání čistoty izolátů DNA získaných z domácího kysaného zelí je tento závěr správný, ale při srovnání čistoty izolátů DNA z komerčního kysaného zelí vykazují lepší výsledek izoláty získané pomocí fenol-chloroformové extrakce. Pokud byly při vyhodnocování čistoty DNA zohledněny i jiné faktory, např. poměr absorbancí A260/A230 či tvar absorpčních spekter v UV oblasti, bylo by vhodné tuto skutečnost v komentáři k výsledkům zmínit. Autorka se v diskusi také pokouší o srovnání výsledků s odbornou literaturou, konkrétně s prací, která se zabývala identifikací bakterií mléčného kvašení v kysaném zelí na úrovni druhů. Toto srovnání by bylo mnohem snadnější, kdyby byla v rámci této práce provedena podrobnější analýza izolované DNA, jako např. konvenční PCR s druhově specifickými primery. Přes výše uvedené nedostatky však byly splněny cíle uvedené v zadání této práce, a proto ji doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Využití literatury a její citace | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | C | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B |
eVSKP id 131393