Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.
The work deals with the method of recognizing species on the analysis of mitochondrial DNA segment. This analysis and classification using segment gene called CO1 in literatures such as barcode of life. In the beginning of work is analyzed the mitochondrial theory of heredity and conditions of formation of barcode. Practical use is based on this theory in creating database of barcodes generated to different animal species. Data used for creating the library are drawn from public databases NCBI and BOLD Systems. The next part of this work concerns about methods of comparison of the individual barcodes to the others and especially to the barcode of human. Three main computing methods were used tore these analyses: Needleman-Wunsch algorithm, Smith- Waterman algorithm and comparison of similarities using distance matrix. This work also concerns about transformation of DNA molecule sequences from symbols to numeric formats, which is required for the distance matrix comparison method. Algorithms for searching for a barcode of a species and vice versa were created to ease the work with data.
The work deals with the method of recognizing species on the analysis of mitochondrial DNA segment. This analysis and classification using segment gene called CO1 in literatures such as barcode of life. In the beginning of work is analyzed the mitochondrial theory of heredity and conditions of formation of barcode. Practical use is based on this theory in creating database of barcodes generated to different animal species. Data used for creating the library are drawn from public databases NCBI and BOLD Systems. The next part of this work concerns about methods of comparison of the individual barcodes to the others and especially to the barcode of human. Three main computing methods were used tore these analyses: Needleman-Wunsch algorithm, Smith- Waterman algorithm and comparison of similarities using distance matrix. This work also concerns about transformation of DNA molecule sequences from symbols to numeric formats, which is required for the distance matrix comparison method. Algorithms for searching for a barcode of a species and vice versa were created to ease the work with data.
Description
Keywords
čárový kód, vlajka čárového kódu, mitochondrie, mitochondriální DNA, genom, gen CO1, NCBI, druh, jedinec, data, databáze, BOLD Systems, Needleman-Wusnchův algoritmus, Smith- Watermanův algoritmus, distanční matice, numerický formát, barcode, barcode flag, mitochondria, mitochondrial DNA, genome, gene CO1, NCBI, species, specimen, data, database, BOLD Systems, Needleman-Wunsh algorithm, Smith-Waterman algorithm, distance matrix, numerical format
Citation
LABOUNEK, R. Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2010.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)
MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)
MUDr. Lenka Forýtková, CSc. (člen)
Date of acceptance
2010-06-17
Defence
Student prezentoval výsledky své bakalářské práce.
Komise byla seznámena s posudkem vedoucího práce a oponenta.
Do diskuze se zapojil prof. Provazník a Ing. Vítek.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení