Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Táto diplomová práca sa venuje klasifikačným metódam metagenomických signálov, nezávislých na referenčnej databáze, ktoré sú získané sekvenáciou pomocou sekvenátora MinION. Popisuje ako vznik a druh dát, s ktorými sa v metagenomike pracuje, tak už existujúce metódy klasifikácie metagenomických dát nezávislých na referenčnej databáze. Rovnako je v tejto práci popísané, aký veľký prielom v metagenomike znamenalo objavenie sekvenácie DNA tretej generácie a konkrétne sa táto práca špecializuje na funkciu sekvenátora MinION od spoločnosti Oxford Nanopore. Cieľom práce bolo na základe modelových dát metagenómu navrhnúť a zrealizovať vlastnú metódu klasifikácie metagenomických dát získaných zo sekvenátora MinION a na záver ju porovnať s už existujúcou metódou klasifikácie.
This diploma thesis deals with taxonomy independent methods for classification of metagenomic signals, aquired by a MinION sequencer. It describes the formation and character of metagenomic data and already existing methods of metagenomic data classification and their development. This thesis also evaluates an impact of the third generation sequencing techniques in the world of metagenomics and further specialises on the function of the Oxford Nanopore MinION sequencing device. Lastly, a custom method for metagenomic data classification, based on data obtained from a MinION sequencer, is proposed and compared with an already existing method of classification.
Description
Citation
LEBÓ, M. Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jiří Chmelík, Ph.D. (člen) Mgr. Helena Durnová, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Potočňák (člen)
Date of acceptance
2019-06-05
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Potočňák položil otázku - Jsou výsledné Poincarého mapy vždy aproximovatelné elipsou? Student obhájil diplomovou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO