Genová regulace v Clostridium beijerinckii NRRL B-598

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Diplomová práce se zabývá studiem genové regulace v Clostridium beijerinckii NRRL B-598, pro následné odvození genové regulační sítě bakterie C. beijerinckii NRRL B-598. V teoretické části této práce je uvedena obecná nomenklatura problematiky genové regulace se zaměřením na nomenklaturu genových regulačních sítí. Následně jsou zde popsané laboratorní metody, sloužící pro získání vhodných dat popisující expresi genů. Tato data jsou základem pro studium genové regulace a návrhy genových regulačních sítí. Práce se zaměřuje především na technologii RNA-Seq a stručný popis laboratorních dat získaných ze zmíněné bakterie C. beijerinckii NRRL B-598. V praktické části se práce zabývá předzpracováním těchto surových laboratorních dat a následným studiem genové regulace se zaměřením na odvození operonů a vytvoření prvních genových regulačních sítí pomocí různých přístupů pro C. beijerinckii NRRL B-598.
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
Description
Citation
SCHWARZEROVÁ, J. Genová regulace v Clostridium beijerinckii NRRL B-598 [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (místopředseda) Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2020-06-16
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Odstrčilík položil otázku: v jakém rozmezí jsou uvedeny vypočítané korelace. Dále položil doplňující otázku, jak musí být velká hodnota korelace, aby bylo určeno, že se mezi dvěma geny nachází hrana. Doc. Kolář položil otázku, proč v porovnání korelace s vzájemnou informací vyšly vyšší hodnoty pro korelaci, než pro vzájemnou informaci. Dále položil doplňující otázku, zda existují i jiné bakterie produkující butanol. Doc. Masařík položil otázku, proč si studentka vybrala právě organismus C. beijerinckii NRRL B-598 a jaké případné praktické využití má tento organismus. Ing. Čmiel položil otázku, jak konkrétně studentka využívala infrastrukturu Metacentrum. Student obhájil diplomovou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO