Online databáze sekvenčních a melt typů bakterií
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Předmětem této diplomové práce je vytvoření databáze známých sekvenčních a melt typů patogenních bakterií a nástroje pro správu databáze. Metoda popisovaná v této práci je poměrně nová technika typizace patogenních bakterií založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ a využívá k tomu převodní klíč, který byl vytvořen ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Obsahem práce je vytvoření prostoru na databázovém serveru, načtení potřebných dat, aplikace převodního klíče, vytvoření GUI, vytvoření dalších vhodných ošetření a rozšíření, testování a následná analýza výsledků. V první kapitole jsou diskutovány nejznámější metody bakteriální typizace, další kapitola je pak věnována server-client aplikacím a databázovým nástrojům. Třetí kapitola popisuje implementaci databáze na server a čtvrtá kapitola stručně shrnuje všechny funkce programu. V poslední kapitole je pak popsána analýza vylepšení převodního klíče, které získalo pracovní název půlené alely.
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
Description
Citation
FRANTIŠOVÁ, Z. Online databáze sekvenčních a melt typů bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (místopředseda)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2020-06-16
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Mgr. Ing. Sedlář položil otázku co jsou hodnoty MELT, jak a proč se získávají.
Doc. Masařík položil otázku, zda bude databáze rozšířena na více bakterií a z jakého důvodu byly vybrány uvedené čtyři bakterie.
Doc. Kolář položil otázku, zda a případně v jakém programovacím jazyce studentka všechny části práce napsala.
Ing. Čmiel položil otázku na pátou kapitolu práce - proč jdou hodnoty diferecí do záporných hodnot.
Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení