Segmentace biologických vzorků v obrazech z kryo-elektronového mikroskopu s využitím metod strojového učení
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Zobrazovanie pomocou kryo-elektrónovej mikroskopie má svoje nezastúpiteľné miesto v analýze viacerých biologických štruktúr. Lokalizácia buniek kultivovaných na mriežke a ich segmentácia voči pozadiu alebo kontaminácii je základom. Spolu s vývojom viacerých metód hlbokého učenia sa podstatne zvýšila úspešnosť úloh sémantickej segmentácie. V tejto práci vyvinieme hlbokú konvolučnú neurónovú sieť pre úlohu sémantickej segmentácie buniek kultivovaných na mriežke. Dátový súbor pre túto prácu bol vytvorený pomocou dual-beam kryo-elektónového mikroskopu vyvinutého spoločnosťou Thermo Fisher Scientific Brno.
Cryo-electron microscopy imaging has its irreplaceable position in analysis of various biological structures. Localization of the cells cultivated on grid and their segmentation towards background or contamination is essential. With the development of various deep learning methods, the performance of semantic segmentation tasks dramatically increased. In this thesis, we will develop a deep convolutional neural network for semantic segmentation of the cells cultivated on grid. Dataset for this thesis was created with dual-beam cryo-electron microscope developed by Thermo Fisher Scientific Brno.
Cryo-electron microscopy imaging has its irreplaceable position in analysis of various biological structures. Localization of the cells cultivated on grid and their segmentation towards background or contamination is essential. With the development of various deep learning methods, the performance of semantic segmentation tasks dramatically increased. In this thesis, we will develop a deep convolutional neural network for semantic segmentation of the cells cultivated on grid. Dataset for this thesis was created with dual-beam cryo-electron microscope developed by Thermo Fisher Scientific Brno.
Description
Citation
SOKOL, N. Segmentace biologických vzorků v obrazech z kryo-elektronového mikroskopu s využitím metod strojového učení [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-10
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolářová sa dotázala na vlastnosť obrazu, ktorá by mohla pomocť k rozpoznať ľadové kryštály a či je možné využiť inú zobrazovaciu modalitu; Ing. Jakubíček sa dotázal na důvod odstrániť "skip connections" v použitom modele; ako boli urobené anotácie; boli anotácie konzultované s expertmi?.
Student obhájil diplomovou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení