Metody predikce sekundární struktury RNA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.
This bachelor thesis discuss RNA secondary structure and it’s prediction in particular. It describes various secondary structure elements and presents some secondary structure prediction methods. Within the framework of bachelor thesis, three computational methods for secondary structure prediction were implemented in programming and numeric computing platform MATLAB. These methods are Nussinov algorithm, Zuker algorithm and Crumple method. Implemented algorithms approched the prediction in terms of base pair maximalization or free energy minimalization. Their function was verified on the created dataset and the results were compared with known secondary structures.
This bachelor thesis discuss RNA secondary structure and it’s prediction in particular. It describes various secondary structure elements and presents some secondary structure prediction methods. Within the framework of bachelor thesis, three computational methods for secondary structure prediction were implemented in programming and numeric computing platform MATLAB. These methods are Nussinov algorithm, Zuker algorithm and Crumple method. Implemented algorithms approched the prediction in terms of base pair maximalization or free energy minimalization. Their function was verified on the created dataset and the results were compared with known secondary structures.
Description
Keywords
RNA, sekundární struktura RNA, maximalizace bázovách párů, minimalizace volné energie algoritmus podle Nussinové, algoritmus podle Zukera, algoritmus pro metodu Crumple, RNA, RNA secondary structure, base pairs maximalization, free energy minimalization, Nussinov algorithm, Zuker algortihm, Crumple method
Citation
POLZEROVÁ, N. Metody predikce sekundární struktury RNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)
Ing. Kateřina Jurečková (člen)
MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-17
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. MUDr. Gumulec položil otázku, jestli dochází ke změně sekundární struktury RNA s časem? Proč RNA sekvence obsahovaly pouze 25 nukleotidů? Jaká byla časová náročnost použitých algoritmů? Doc. Hozman položil otázku, jak se tvořil trénovací dataset? Existuje závislost mezi délkou sekvence a úspěšností predikce? Ing. Smital položil otázku, stoupá-li náročnost výpočtu lineárně se zvětšující se délkou sekvence? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení