Charakteristika snímků z rastrovacího transmisního elektronového mikroskopu tenkých biologických řezů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Diplomová práce popisuje fyzikální principy mikroskopů TEM, SEM a STEM spolu s jejich vhodností pro pozorování vzorků citlivých na elektrony, jako jsou zalévací média či biologické vzorky. Dále je popsána příprava vzorků pro STEM (TEM) a popis interakcí, ke kterým dochází mezi primárním elektronovým svazkem a vzorkem. Součástí práce je také pojednání o zpracování mikroskopických obrazů s podkapitolou o metodách kvantitativního porovnání obrazů ze STEM. Praktická část práce je zaměřena zejména na měření úbytku hmoty zalévacích médií (Epon, Spurr, LR White) způsobený primárním svazkem elektronů v nízkonapěťovém STEM. Ultratenké řezy několika tlouštěk byly zkoumány při různých nastaveních mikroskopu (urychlovací napětí, celková dávka, proud svazku, čištění povrchu vzorku a komory mikroskopu) a zobrazovacích módech (světlé a tmavé pole). Dále jsou zkoumány také biologické vzorky Krásnoočka štíhlého (Euglena gracilis) zalitého v pryskyřicích Epon a Spurr. Nasbírané snímky, vytvořené algoritmy a získané výsledky jsou diskutovány a zhodnoceny.
This master´s thesis describes physical principles of the TEM, the SEM and the STEM and their suitability for observation of electron-sensitive samples (embedding media, biological specimens). The interaction between the incident electron beam and the sample is also discussed, as well as the sample preparation for the STEM (TEM). Furthermore, a description of microscopic image processing is included with a section about quantitative comparison of the STEM images. The thesis is focused on the mass loss of pure embedding media (Epon, Spurr, LR White) caused by the electron beam in the low voltage STEM. The samples of different thicknesses were investigated using different microscope settings (acceleration voltage, total dose, probe current, cleaning of the sample surface and specimen chamber) and the STEM imaging modes (bright-field, dark-field). Furthermore, biological samples of Euglena gracilis embedded in Epon and Spurr are examined. Collected images, created algorithms and obtained results are widely discussed.
This master´s thesis describes physical principles of the TEM, the SEM and the STEM and their suitability for observation of electron-sensitive samples (embedding media, biological specimens). The interaction between the incident electron beam and the sample is also discussed, as well as the sample preparation for the STEM (TEM). Furthermore, a description of microscopic image processing is included with a section about quantitative comparison of the STEM images. The thesis is focused on the mass loss of pure embedding media (Epon, Spurr, LR White) caused by the electron beam in the low voltage STEM. The samples of different thicknesses were investigated using different microscope settings (acceleration voltage, total dose, probe current, cleaning of the sample surface and specimen chamber) and the STEM imaging modes (bright-field, dark-field). Furthermore, biological samples of Euglena gracilis embedded in Epon and Spurr are examined. Collected images, created algorithms and obtained results are widely discussed.
Description
Citation
NOVOTNÁ, V. Charakteristika snímků z rastrovacího transmisního elektronového mikroskopu tenkých biologických řezů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
prof. Ewaryst Tkacz, Ph.D.,D.Sc. (místopředseda)
doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-12
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Kovár položil otázku: Jak si vysvětlujete proces vypálení vzorku z fyzikálního hlediska? Máte teoretické zdůvodnění pro proložení křivek exponenciálou? Jakou roli hraje hromadění tepla ve vzorku?
Prof. Jan položil otázku: Jak se liší grafy "Bright field" s lineární a exponenciální závislostí? Jakých metod jste použila? Bylo v práci využito zpracování obrazů, nebo se jednalo pouze o statistickou analýzu?
Ing. Maděránková položila otázku: Porovnával se úbytek i experimentálně? Testování probíhal na více nebo jednom vzorku?
Mgr. Hofr položil otázku: Proč při vznikaly artefakty?
Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. 90 b.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení