Molekulární signatura jako optimální multi-objektivní funkce s aplikací v predikci v onkogenomice
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Náplní této práce je teoretický úvod a následné praktické zpracování tématu Molekulární signatura jako optimální multi-objektivní funkce s aplikací v predikci v onkogenomice. Úvodní kapitoly jsou zaměřeny na téma rakovina, zejména pak rakovina prsu a její podtyp triple negativní rakovinu prsu. Následuje literární přehled z oblasti optimalizačních metod, zejména se zaměřením na metaheuristické metody a problematiku strojového učení. Část se odkazuje na onkogenomiku a principy microarray a také na statistiku a s důrazem na výpočet p-hodnoty a bimodálního indexu. Praktická část je pak zaměřena na konkrétní průběh výzkumu a nalezené závěry, vedoucí k dalším krokům výzkumu. Implementace vybraných metod byla provedena v programech Matlab a R, s využitím dalších programovacích jazyků a to konkrétně programů Java a Python.
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
Description
Keywords
Optimalizační metody, Strojové učení, triple negativní karcinom prsu, Lineární diskriminantní analýza, onkogenomika, microarray, RNA, gen, molekulární podpis, pvalue, index bimodality, Matlab, R, Optimization methods, Machine learning, triple-negative breast cancer, Linear discriminant analysis, oncogenomics, microarrays, RNA, gene, molecular signature, pvalue, Bimodality index, Matlab, R
Citation
ALIGEROVÁ, Z. Molekulární signatura jako optimální multi-objektivní funkce s aplikací v predikci v onkogenomice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
doc. Ing. Milan Chmelař, CSc. (předseda)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
MUDr. Eva Závodná, Ph.D. (člen)
MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-08-28
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Studentka se vyjádřila k posudkům.
MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. položil otázku: Proč mát v práci obrázek Tissue Microarrays a píšete o Microarrays?
Studentka odpověděla na otázky členů komise.
Studentka obhájila diplomovou práci s výhradami.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení