Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem a implementací aplikace, která má za úkol ověřit správnost algoritmu sloužícího na analýzu použitých mechanismů při tvorbě fylogenetického stromu. Aplikace umožňuje uživatelům zadat různé parametry fylogenetického stromu, jeho následné vytvoření a analýzu pomocí algoritmu. Výsledky analýzy se uloží do výstupního souboru, přičemž uživatel má možnost nastavit cestu. Zkoumaný algoritmus správně odhaduje podíl mechanismů na tvorbě stromu. Při odhadu relativního a absolutního podílu na změně počtu chromozomů a velikosti genomu nedosahuje přesné výsledky.
This Bachelor’s thesis describes the design and implementation of the application that has the task to verify the accuracy of the algorithm. Purpose of the algorithm is to analyze mechanisms used in the creation of the phylogenetic tree. The application allows users to specify different parameters of phylogenetic tree, its generation and subsequent analysis using an algorithm. Results of the analysis are written to the output file, giving the user the option of setting file path. Studied algorithm correctly estimates the participation of specific mechanism in the tree formation. Estimates of the absolute and relative share of changes in chromosome number and genome size are less than accurate results.
This Bachelor’s thesis describes the design and implementation of the application that has the task to verify the accuracy of the algorithm. Purpose of the algorithm is to analyze mechanisms used in the creation of the phylogenetic tree. The application allows users to specify different parameters of phylogenetic tree, its generation and subsequent analysis using an algorithm. Results of the analysis are written to the output file, giving the user the option of setting file path. Studied algorithm correctly estimates the participation of specific mechanism in the tree formation. Estimates of the absolute and relative share of changes in chromosome number and genome size are less than accurate results.
Description
Citation
RADAKOVIČ, L. Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Miroslav Švéda, CSc. (místopředseda)
Ing. František Grézl, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Hrubý, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-15
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm E. Otázky u obhajoby: Byla již vytvořená aplikace použita biology pro jejich výzkum? Jakým způsobem byly zvoleny hodnoty parametrů pro testování validátoru (uvedené v tabulce 5.1)? Proč byly vybrány právě tyto hodnoty? Existují nějaké dostupné nástroje pro simulaci evoluce znaků podél fylogenetických stromů?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení