Konstrukce sufixových stromů a jejich využití v bioinformatice
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Práce se zabývá problematikou implementace sufixových stromů a jejich využití v bioinformatice. Jsou zde uvedeny různé druhy algoritmů pro tvorbu sufixových stromů. Především se zabývá implementací on-line metody pro tvorbu sufixového stromu navrženou E. Ukkonenem a přibližným vyhledáváním podřetězců. To je realizováno za pomoci dynamického programování, upraveného pro využití sufixových stromů. Obě tyto metody jsou popsány pseudokódem a implementovány v příloze práce.
This work discusses problems of suffix trees implementation and their use in bioinformatics. There are given different sorts of algorithms for building suffix trees in this work. In the first place, it deals with the on-line method implementation for building suffix trees, proposed by E. Ukkonen and approximate string matching. That is made by application of dynamic programming principles, adapted for using suffix trees. Both of these methods are described by pseudocode and implemented in a work supplement.
This work discusses problems of suffix trees implementation and their use in bioinformatics. There are given different sorts of algorithms for building suffix trees in this work. In the first place, it deals with the on-line method implementation for building suffix trees, proposed by E. Ukkonen and approximate string matching. That is made by application of dynamic programming principles, adapted for using suffix trees. Both of these methods are described by pseudocode and implemented in a work supplement.
Description
Citation
HLAVÁČEK, P. Konstrukce sufixových stromů a jejich využití v bioinformatice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Václav Dvořák, DrSc. (předseda)
doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
Ing. Petr Matoušek, Ph.D., M.A. (člen)
Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2011-06-13
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: Z práce není zcela jasné, kde začíná vaše vlastní práce. Co je vašim vlastním přínosem v dané problematice? V práci chybí zhodnocení výsledků implementace. Má aplikace požadováné vlastnosti? Jak v jakém průměrném čase je možné získat z aplikace požadované výsledky s ohledem na hardware u dnes běžně dostupných počítačů?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení