Interaktivní simulátor DNA výpočtu
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce je zaměřena na shrnutí biologických operací nad DNA a jejich nasazení ve výpočtu složitých matematických problémů. Ukázkovým příkladem, jehož řešení je v práci demonstrováno, je problém hamiltonovské cesty grafem, také znám jako problém obchodního cestujícího. Při řešení tohoto problému budou popsány použité operace nad DNA a postup, který poprvé představil Leonard Adleman. Jeho práci je možné považovat za první experiment v oboru, který je teď známý jako DNA počítání. Cílem této bakalářské práce je implementovat interaktivní simulační program (založený na principech a formálním modelu Adlemanovy práce) pro řešení hamiltonovské cesty grafem a zhodnotit jeho možnosti vzhledem na prostorovou složitost při různých instancích problému obchodního cestujícího.
The aim of this work is to summarize the basic principles of operations performed over DNA molecules and to demonstrate their usage in solving some hard mathematical problems. In particular, the Hamiltonian Path Problem -- HPP (also known as the Traveling Salesman Problem) will be considered as a case study. A fundamental approach introduced by Leonard Adleman will be desctribed to solve the HPP using the DNA operations. His work may be considered as the first experiment in the area that is currently known as DNA computing. The goal of this bachelor thesis is to implement an interactive software simulator (based on the principles and formal models of Adleman's work) for solving the HPP and to evaluate its abilities with respect to area complexity considering various instances of HPP.
The aim of this work is to summarize the basic principles of operations performed over DNA molecules and to demonstrate their usage in solving some hard mathematical problems. In particular, the Hamiltonian Path Problem -- HPP (also known as the Traveling Salesman Problem) will be considered as a case study. A fundamental approach introduced by Leonard Adleman will be desctribed to solve the HPP using the DNA operations. His work may be considered as the first experiment in the area that is currently known as DNA computing. The goal of this bachelor thesis is to implement an interactive software simulator (based on the principles and formal models of Adleman's work) for solving the HPP and to evaluate its abilities with respect to area complexity considering various instances of HPP.
Description
Citation
KOVÁCS, M. Interaktivní simulátor DNA výpočtu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (místopředseda)
Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)
Ing. Michal Španěl, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-19
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B. Otázky u obhajoby: Jaké znáte jiné DNA výpočty, kromě v práci uvedeného hledání Hamiltonovské cesty? Je možné simulátory použít i pro tyto další úlohy pro DNA počítání?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení