Numerické metody pro klasifikaci metagenomických dat

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Odstrčilík položil otázku, zda se používají klasifikátory s učitelem. Prof. Provazník položil otázku: co by bylo možné dále vylepšit? Ing. Čmiel položil otázku: jakým způsobem hledáte centroidy? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorŠkutková, Helenacs
dc.contributor.authorVaněčková, Terezacs
dc.contributor.refereeSedlář, Karelcs
dc.date.accessioned2019-05-17T03:31:08Z
dc.date.available2019-05-17T03:31:08Z
dc.date.created2016cs
dc.description.abstractTato práce se zabývá metagenomikou a výpočetními metodami využívanými pro zpracování metagenomu. Literární rešerše metod nevyžadujících zarovnání ukázala, že metody založené na studiu taxonomicky specifických četností nukleotidových slov se jeví jako vhodný a dostatečně účinný nástroj pro zpracování metagenomických čtení sekvenačních technologií nové generace. Pro vyhodnocení potenciálu těchto metod byly testovány vybrané příznaky založené na studiu četností nukleotidových slov na sadě simulovaných metagenomických čtení. Analýza byla provedena pro různou délku slov a vyhodnocena s ohledem na úspěšnost klasifikace pomocí hierarchického shlukování v originálním datovém prostoru a K-means shlukování v redukovaném datovém prostoru.cs
dc.description.abstractThis thesis deals with metagenomics and numerical methods for classification of metagenomic data. Review of alignment-free methods based on nucleotide word frequency is provided as they appear to be effective for processing of metagenomic sequence reads produced by next-generation sequencing technologies. To evaluate these methods, selected features based on k-mer analysis were tested on simulated dataset of metagenomic sequence reads. Then the data in original data space were enrolled for hierarchical clustering and PCA processed data were clustered by K-means algorithm. Analysis was performed for different lengths of nucleotide words and evaluated in terms of classification accuracy.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationVANĚČKOVÁ, T. Numerické metody pro klasifikaci metagenomických dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.cs
dc.identifier.other93564cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/59790
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectMetagenomikacs
dc.subjecttechnologie sekvenovánícs
dc.subjectnukleotidová slovacs
dc.subjectk-merycs
dc.subjecthierarchické shlukovánícs
dc.subjectPCAcs
dc.subjectK-means shlukovánícs
dc.subjectmetody nevyžadující zarovnánícs
dc.subjectMetagenomicsen
dc.subjectsequencing technologiesen
dc.subjectnucleotide wordsen
dc.subjectk-mersen
dc.subjecthierarchical clusteringen
dc.subjectPCAen
dc.subjectK-means clusteringen
dc.subjectalignment-free methodsen
dc.titleNumerické metody pro klasifikaci metagenomických datcs
dc.title.alternativeNumerical methods for classification of metagenomic dataen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2016-06-07cs
dcterms.modified2016-06-10-12:57:44cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid93564en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 22:13:15en
sync.item.modts2021.11.12 21:47:39en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.08 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
7.22 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_93564.html
Size:
5.14 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_93564.html
Download
Collections
2016