Metody detekce selekce v DNA sekvencích

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Provazník položil otázku, proč je volena různá délka okna? K čemu to je? Student obhájil diplomovou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorŠkutková, Helenacs
dc.contributor.authorProcházka, Ondřejcs
dc.contributor.refereeMaděránková, Denisacs
dc.date.accessioned2019-05-17T03:31:12Z
dc.date.available2019-05-17T03:31:12Z
dc.date.created2016cs
dc.description.abstractTématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.cs
dc.description.abstractThe topic of semestral thesis is methods to detect selection in DNA sequences. In the begining of the thesis we will describe molecular evolution. It will be written what made the evolution and how the evolution is shown. Moreover there are gen mutations and mechanisms of diffuse and fixation. It will be defined what pozitive, negative and neutral selection is. The thesis is focused on evolution distance of synonymous and nonsynonymous substitution. There will be described three methods – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo and Comeron. All these methods will be described with mathematic formulas. There will be statistic test to decide what kind of selection ti is – there will be used z-test. In the practical part, there will be information about developed software what counts selection pressure from sequences from databazes in format GenBank and it shows parts where selection is. The software will be used for two data sets with two different genetic codes. The result will be discussed. We will discuss results of all three methods of selection pressure and influence of input parametrs.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationPROCHÁZKA, O. Metody detekce selekce v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.cs
dc.identifier.other93556cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/59862
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectMutacecs
dc.subjectpřírodní výběrcs
dc.subjectselekcecs
dc.subjectselekční tlakcs
dc.subjectKa/Ks poměrcs
dc.subjectNei-Gojoborics
dc.subjectLi-Wu-Luocs
dc.subjectComeroncs
dc.subjectsynonymní substitucecs
dc.subjectnesynonymní substitucecs
dc.subjectMutationen
dc.subjectselectionen
dc.subjectnatural selectionen
dc.subjectselective pressureen
dc.subjectKa/Ks ratioen
dc.subjectNei-Gojoborien
dc.subjectLi-Wu-Luoen
dc.subjectComeronen
dc.subjectsynonymous substitutionen
dc.subjectnonsynonymous substitutionen
dc.titleMetody detekce selekce v DNA sekvencíchcs
dc.title.alternativeMethods to detect selection in DNA sequencesen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2016-06-07cs
dcterms.modified2016-06-10-12:57:38cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid93556en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 12:10:28en
sync.item.modts2021.11.12 11:14:53en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.37 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
257.72 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_93556.html
Size:
6.06 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_93556.html
Download
Collections
2016