SONNENSCHEIN, J. Číslicové zpracování mitochondriálních genomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Student Jiří Sonnenschein se ve své práci zabýval numerickými reprezentacemi mitochondriálních genomů. Jedná se o téma zcela nové a v české ani zahraniční literatuře prozatím prakticky nepopsané. V teoretické části na základě zahraniční literatury přehledně shrnul dosavadní poznatky o konverzi symbolických DNA sekvencí na genomický signál a vše doplnil stručným biologickým úvodem o mitochondriích a DNA obecně. Na tomto základě vytvořil přehled signálových reprezentací pro mitochondriální DNA a srovnal je s obecnými informacemi o signálové reprezentaci chromosomální DNA u prokaryotických a eukaryotických organismů. Popsal specifické vlastnosti mitochondriálních numerických reprezentací DNA a navrhnul novou klasifikační metodu pro zjištění podobnosti biologických sekvencí. Výsledkem metody je obdoba fylogenetického stromu užívaného v molekulární fylogenetice, jehož realizace by ovšem ze symbolického zápisu celých mitochondriálních sekvencí byla vysoce výpočetně náročná. Po dohodě s vedoucí práce se student prakticky zaměřil pouze na fázovou analýzu 2D reprezentace DNA, která se na klasifikaci hodila díky specifičnosti pro různé typy sekvencí nejlépe. Po formální stránce nemám k práci žádné výhrady. Drobné nedostatky by se dali najít v signálovém zpracování problematiky, ty ale jsou vzhledem k dosaženému vzdělání studenta omluvitelné. Aktivita studenta v průběhu řešení práce byla přiměřená.
Student nastudoval a řádně popsal možnosti numerické reprezentace biologických sekvencí a zvláštnosti genetického kódu kódujícího mitochondriální geny. Následně navrhl a realizoval experimentální algoritmus pro předzpracování a klasifikaci mitochondriálních sekvencí v numerickém zápisu. Algorimus otestoval a vyhodnotil jeho přínos. Po formální stránce je předložená práce na velmi dobré úrovni. Vytkl bych pouze drobné překlepy a nepřesnosti v textu. Text je dobře strukturovaný a snadno čitelný. Po odborné stránce je práce taktéž na dobré úrovni. Největší problém spočívá v kapitolách věnujících se předzpracování signálů, konkrétně kapitoly 6.2-6.4, kde vyvstává celá řada otázek. Není zde zdůvodněna volba hodnoty 99,9% užitečné hodnoty signálu. Taktéž není zdůvodněna nutnost detrendizace signálu a volba polynomu 1. řádu. Seznam použité literatury je v pořádku. Celkově práci hodnotím jako velmi dobrou.
eVSKP id 51769