MOSKOVSKÁ, K. Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
V teoretickej časti práce študentka vysvetlila význam vyhľadávania repetitívnych úsekov – ich vzťah k ochoreniam a podrobne popísala typy repetitívnej DNA. Praktická časť práce pojednáva o bioinformatických metódach detekcie repetitívnej DNA, študentka sa venuje realizácii vybraných metód a následne ich porovnaniu. Prvý vybraný algoritmus je založený na vyhľadávaní tandemových repetícii pomocou porovnávania znakov. Tento algoritmus ale neobsahuje ošetrenie pre sekvencie, kde je tandemová repetícia tvorená rovnakými znakmi. Pre získanie konečného výsledku je preto nevyhnutné z výsledku algoritmu vybrať iba tie repetície, ktorých pozície sa vzájomne neprekrývajú. Väčšiu pozornosť študentka venovala návrhu algoritmu využívajúceho Fourierovu transformáciu. Práca podrobne rozoberá obmedzenia oboch algoritmov a autorka navrhuje vyhľadávať repetitívne úseky pomocou kombinácie oboch algoritmov, čo považujem za účinný spôsob detekcie. Počas riešenia bakalárskej práce bola študentka aktívna a využívala vierohodné literárne pramene, prevažne v anglickom jazyku.
Studentka Kateřina Moskovská se ve své práci zabývala problematikou repetitivních sekvencí DNA a možnostmi jejich detekce. Podle zadání se zaměřila na znakové a numerické metody vyhledávání repetic. Realizovala vybrané algoritmy v prostředí Matlab a ověřila je na zadaných sekvencích. Úvodní část práce je dostatečně rozsáhlá a pokrývá potřebnou teoretickou oblast. Autorka vhodně zvolila míru detailů a výklad je tak srozumitelný a účelný. Oceňuji praktické provedení algoritmů a vhodně prezentované výsledky jejich použití. Nedostatkem práce je kolísající kvalita formulací. Úvodní teoretická část je psána akceptovatelným jazykem srovnatelným s učebními texty, dojem ale kazí řada gramatických chyb a dlouhých a málo srozumitelných souvětí. Formulace jsou často nepřesné a znesnadňují pochopení podstaty analýzy subsekvencí DNA. Praktická část práce v kapitole "4 Návrhy a realizace algoritmů v Matlabu" popisující zvolené metody a jejich implementaci je však zatížena ještě nižší úrovní formulací. Studentka nevhodně zvolila formu 1. osoby jednotného čísla a kombinuje různé časy. Zvláště použití budoucího času je nevhodné, neboť se formálně jedná o zprávu o provedeném řešení projektu. Řada zvolených tvrzení neodpovídá zvyklostem technických zpráv a občas má formu volného vyprávění. Obsahově je však text v pořádku a neobsahuje nerelevantní nebo nepravdivé údaje. K vlastnímu typografickému provedení práce nelze mít závažnější připomínky. Závěrem lze konstatovat, že práce má přes uvedené formální nedostatky svoji hodnotu a je akceptovatelným technickým řešením. Obsahuje užitečné výsledky. Studentka splnila zadání a dosáhla vytčených cílů.
eVSKP id 51785