ROČEK, V. Vysoce propustný systém pro analýzu organoidů v biomedicínských aplikacích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Student samostatně navrhl a zkompletoval vysoce propustný automatizovaný systém, umožňující testování velkého počtu organoidních struktur na bázi mikrotitračních destiček. Teoretická část práce se opírá o bohatou literární rešerši a srozumitelně představuje neinvazivní optické metody analýzy trojrozměrných buněčných struktur, zejména sférických organoidů. Dále je v teoretické části dobře popsána existující platforma Algaescreen včetně jejích komponent, které student v praktické části modifikuje s cílem automatizovat kultivaci a přípravu biologických vzorků a jejich analýzu. Praktická část práce dokumentuje provedenou úpravu optického akvizičního systému, zařazení automatického inkubátoru do procesu kultivace a navržení a implementaci software pro zpracování získaných snímků. Student funkcionalitu sestavy ověřil sadou experimentů, jejichž výsledky potvrzují, že sestava korektně funguje. Kromě toho navrhl a provedl experiment umožňující srovnat svůj systém s komerčně dostupným systémem a prokázal, že jím navržený systém nejen že dosahuje srovnatelné kvality analýzy, ale dokáže analýzu provést za kratší dobu. V práci však postrádám detailnější popis metod pro zpracování obrazu, které student používá pro hodnocení sféričnosti organoidů a také zhodnocení účinnosti těchto metod na více snímcích, včetně těch, které jsou odlišné od ideálu. Student pracoval samostatně a proaktivně po celou dobu semestru, splnil požadavky zadání, a výsledek jeho práce bude využit firmou Photon System Instruments. Student k vypracování práce přistupoval zodpovědně. Výtky k formálnímu zpracování mám k rozdělení tabulky 1 na dvě strany, malému písmu v obrázku 1 a odlišnému fontu obsahu). Práce s literaturou je výborná.
V diplomové práci se student věnuje problematice automatické analýzy organoidů optickými metodami. Po formální stránce vytýkám chybný formát rovnice 1, chybějící nebo chybné odkazy na obrázky (2, 4 a 25), tabulka č. 1 je nevhodně rozdělena na 2 stránky. Na straně 14 se student odkazuje na obrázek č. 6 místo obrázku č. 2., na kterém však chybí označení častí, na které se student odkazuje v textu. Popisy os některých grafů (Graf 4 a 6) jsou nesprávné. Řazení a pojmenování některých kapitol je nevhodné – kapitola 1.2.5 Wide field fluorescenční mikroskopie měla být součástí kapitol 1.2.3 nebo 1.2.4, duplicitní názvy kapitol Crosstalk, dosažené výsledky jsou nevhodně zařazeny do kapitoly 3 Experimentální část místo kapitoly 4 Výsledky a diskuze. Odborná stránka práce je snížena řadou nedostatků. U obrázků č 14-23, 25-30, 33-38 by bylo vhodné označit měřítko a škálu pseudobarevného označení, která by dávala informaci ohledně intenzity fluorescence. Dále postrádám postup a ukázky zpracování obrazů včetně kódu v příloze, včetně detailního popisu manuálního značení dat. V práci se vyskytují faktické nepřesnosti a neodborné vyjadřování; příkladem může být druhý odstavec na straně 13. V literární rešerši se student zaměřuje na detailnější popis mikroskopických technik bez zaměření na jakoukoliv analýzu a zpracováni výsledků. Nejzávažnějším nedostatkem je absence jakéhokoliv kvantitativního (statistického) porovnání dosažených výsledků. Jediné zhodnocení bylo provedeno pouze kvalitativně na základě subjektivního porovnání výsledných grafů. Zde bych očekávala vynesení hodnot do společného grafu, doplněné o statistické testy nebo vyhodnocení podobnosti na základě korelace. Použitá literatura obsahuje nedostatky v podobě chybějícího odkaz na literaturu č. 57, neúplné citace zejména u online zdrojů (např. 26, 27, 28, 46, atd.) a časté nedodržování citační normy. Zadání práce považuji za splněné, avšak bod 5 je z důvodu absence výše zmíněného objektivního zhodnocení hraniční. I přes uvedené nedostatky práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm D (68 bodů).
eVSKP id 118369