PITNER, V. Reprezentace a zpracování genomických signálů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Cílem zadání bylo porovnávání dvou sekvencí. Výstupem je program, který tuto úlohu realizuje. Student se na konzultace dostavoval zřídka a nepravidelně. Také ale prokázal schopnost zpracovat a správně použít potřebné množství informací, samostatnost a schopnost řešit problémy. Vytýčené cíle práce považuji za splněné. Práce je vytvořena na uspokojivé úrovni, bez větších chyb a formálních nedostatků. Výsledek hodnotím známkou D a práci doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Využití literatury | D | 6/10 | |
| Formální zpracování práce | C | 15/20 | |
| Aktivita během řešení a zpracování práce (práce s literaturou, využívání konzultací, atd.) | F | 5/20 | |
| Splnění zadání | B | 40/50 |
Student se v rámci své bakalářské práce zabýval metodami zpracování a reprezentace genomických signálů. Předložená práce má 47 stran a je členěna do 7 kapitol. V teoretické části postrádám uvedení čtenáře do problematiky a stanovení cílů práce. Popis lineárního zápisu sekvencí je příliš stručný a obsahuje několik nedostatků (Obrázek 1: nepředstavuje formát zápisu FASTA, může se jednat o obecný zápis, Obrázek 2: není specifikován čtecí rámec). V dalších částech student popisuje metody reprezentace dat. V rámci své práce vytvořil funkční program, který implementuje tyto metody. Program má sloužit pro reprezentaci a porovnání sekvencí. Student uvádí, že sekvence reprezentovány pomocí Chaos game metod je možno porovnávat pouze vizuálně. Vůbec neuvažuje možnost vyhodnocení na základě střední vzdálenosti vzájemných bodů nebo porovnání na základě podobnosti cesty vzniku reprezentace. Student rovněž nediskutuje potřebu zarovnání sekvencí před jejich porovnáním. Ve výsledcích chybí otestování programu na dlouhých sekvencích. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni, v textu jsou správně využívány citace, ale vytýkám způsob uvedení seznamu použité literatury. Neuvádějí se odkazy na plnotextové databáze, ale na časopisy, ve kterých dané články vyšly. Zadání práce lze s výhradami považovat za splněné, práci doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | C | 15/20 | |
| Odborná úroveň práce | D | 30/50 | |
| Interpretace výsledků a jejich diskuse | E | 10/20 | |
| Formální zpracování práce | E | 5/10 |
eVSKP id 39564