TRNĚNÝ, O. Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Cílem zadání bylo vytvoření aplikace pro rozšířené zarovnávání sekvencí DNA. Výstupem je program, který tuto úlohu realizuje. Student prokázal schopnost zpracovat a správně použít potřebné množství informací. V průběhu řešení práce student sám úspěšně navázal a udržoval kontakt s profesorem Huangem z oddělení počítačových věd na univerzitě v Iowě. Na konzultace byl student vždy připraven a navržené změny řešil v určeném časovém horizontu. Vytýčené cíle práce považuji za splněné. Práce je vytvořena na výborné úrovni. Výsledek hodnotím známkou A a práci doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Využití literatury | E | 5/10 | |
| Formální zpracování práce | C | 15/20 | |
| Aktivita během řešení a zpracování práce (práce s literaturou, využívání konzultací, atd.) | A | 20/20 | |
| Splnění zadání | A | 50/50 |
Student Ondřej Trněný se ve své práci věnoval studiu metod pro zarovnávání biologických sekvencí. Zaměřil se na klasické metody podle Smithe-Watermana a Needlmana-Wunche. Dále prostudoval příslušné části teorie informace a rozšířenou zarovnávací metodu umožňující efektivní zarovnání jednotvárných sekvencí s málo podobnými úseky. Teoretická část práce je dobře zpracovaná a svědčí o porozumění problematice. Nad rámec práce je rešerše v oblasti měření vzdáleností (míry rozdílů) dvou sekvencí. V praktické části byly dostatečně detailně popsány použité metody a důrazem na rozšířenou metodu zarovnávání včetně matematických definic. Následující kapitoly pak obsahují popis vytvořeného programového prostředí, který současně slouží jako návod k použití. V kapitole 7 jsou pak uvedeny výsledky některých testů na reálných sekvencích získaných z veřejných databázích. Zde je možno mít kritickou připomínku k tomu, že zarovnávané sekvence na obrázcích 19, 20 a 21 nejsou zobrazeny ve stejném úseku, což omezuje vizuální porovnání výstupů jednotlivých metod. Pokud byl k výběru rozdílných částí sekvencí důvod, pak zde není uveden. Po formální stránce obsahuje práce občasné překlepy a méně vhodné formulace vět začínajících spojkou. To by jistě šlo odstranit finálním pročtením celého textu.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | 18/20 | |
| Odborná úroveň práce | A | 46/50 | |
| Interpretace výsledků a jejich diskuse | B | 17/20 | |
| Formální zpracování práce | A | 9/10 |
eVSKP id 39584