Posudek vedoucího
Bartošík, Miroslav
Práce Lucie Pavláskové byla zaměřena na senzor glukózy na bázi funkcionalizovaného
grafenu, tak aby bylo docíleno selektivní reakce na glukózu. Před začátkem diplomové
práce na našem ústavu nebyly naprosto žádné zkušenosti s biochemickou funkcionalizací
grafenu a z tohoto důvodu jsme hledali partnera pro tuto biochemickou část úkolu na
elitních pracovištích v ČR, což se bohužel v tomto počátečním stádiu nepodařilo. Navzdory
této komplikaci a náročnosti úkolu však mohu konstatovat, že se cíle této práce podařilo
splnit a to až nad úroveň mých počátečních očekávání a bez jakékoliv nadsázky lze
říci, že to bylo především díky vynikající práci diplomantky. Jako vedoucí práce oceňuji
odvahu, zájem o problematiku a pracovní nasazení, se kterým se diplomantka pustila
do tohoto náročného úkolu, během jehož zvládání se sama musela seznámit se vší potřebnou
literaturou, vybrat a navrhnout nejvhodnější a nejlépe v našich podmínkách fyzikální
laboratoře realizovatelný postup a tento postup následně aplikovat pří vlastní výrobě
a organizaci prací na senzoru. Na závěr byla úspěšně prokázána funkcionalizace pomocí
AFM a Ramanovy spektroskopie a v mnoha transportních měřeních demonstrována schopnost
senzoru detekovat glukózu. Velmi pozitivně hodnotím u diplomantky věcný, pružný a
kreativní přístup k řešení všech souvisejících fyzikálních, technických a především
biochemických problémů, které bylo třeba na této cestě řešit, jakož i uchování zájmu
o problematiku po celou dobu, což se konečně projevilo na celkovém výsledku. Diplomová
práce Lucie Pavláskové je z mého pohledu na vynikající úrovni a měla by být vzorovou
literaturou pro ty, kteří se na našem ústavu zabývají nebo budou zabývat zmíněnou
problematikou, ale určitě ji doporučuji k přečtení i všem fyzikům, které zajímá praktické
propojení fyziky a biochemie v oblasti grafenových senzorů.
Dílčí hodnocení
Kritérium |
Známka |
Body |
Slovní hodnocení |
Splnění požadavků a cílů zadání |
A |
|
|
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod |
A |
|
|
Vlastní přínos a originalita |
A |
|
|
Schopnost interpretovat dosažené výsledky a vyvozovat z nich závěry |
A |
|
|
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii |
A |
|
|
Logické uspořádání práce a formální náležitosti |
A |
|
|
Grafická, stylistická úprava a pravopis |
A |
|
|
Práce s literaturou včetně citací |
A |
|
|
Samostatnost studenta při zpracování tématu |
A |
|
|
Posudek oponenta
Skládal, Petr
Kvalitně zpracovaná práce interdisciplinárního charakteru, kombinující konstrukci
a charakterizaci grafenového FETu s imobilizací glukosaoxidasy a proměření odezev
na glukosu.
Dílčí hodnocení
Kritérium |
Známka |
Body |
Slovní hodnocení |
Splnění požadavků a cílů zadání |
A |
|
|
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod |
B |
|
|
Vlastní přínos a originalita |
A |
|
|
Schopnost interpretovat dosaž. výsledky a vyvozovat z nich závěry |
A |
|
|
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii |
C |
|
|
Logické uspořádání práce a formální náležitosti |
B |
|
|
Grafická, stylistická úprava a pravopis |
A |
|
|
Práce s literaturou včetně citací |
A |
|
|
Otázky
- Velmi dobře zpracovaná diplomová práce zaměřená na problematickou oblast FET systémů
na bázi grafenu, kdy mnohé publikované výsledky jsou kontroverzní, obtížně reprodukovatelné,
a často obecně spíše odrazující. S tím samozřejmě nekoresponduje všeobecný optimismus
spojovaný s grafenem a dosažené výsledky typicky málo odpovídají původním očekáváním.
Některé problematické aspekty práce:
- Str. 8, poznámka 3 pod čarou, správně platí 1 M = 1 mol dm-3. (viz i rovnice 4.1)
- Str. 9, rovnice 1.2, uvádí se zde -D-glukosa; má to i praktický význam, pokud si připravíte
čerstvý roztok glukosy, možná zjistíte, že vám biosensor nebude fungovat… Dále, zkuste
objasnit, proč je notoricky používaný termín „Clark electrode“ fakticky nesprávný.
Teoretická část velmi dobře rozebírá mimo jiné možnosti modifikace grafenu za účelem
imobilizace enzymů i jiných biomolekul. Co se týká vlastní odezvy, tak se mi zdá,
že se zde může kombinovat více možností – tok elektronů z GOx přímo na grafen, redoxní
reakce peroxidu vodíku na grafenu, změna vodivosti či pH vyvolaná oxidací glukosy
(viz i obr. 6.7). Co z toho mělo asi převládající podíl na zjištěných odezvách ve
vašem konkrétním případě?
- Na str. 27 je zmíněna fluorescence PSE; nebyla nebo nešla by tato vlastnost nějak
využít k monitorování či průkazu interakce PSE s grafenem?
- K části 4.1 – přenos grafenového plátku na konečnou senzorovou strukturu asi není
triviální; nešlo by pomocí CVD deponovat grafen přímo na exponovanou část sensoru?
Obr. 4.1b, řez sensorem – vypadá to, že Au kontakty byly naneseny až na grafen; bylo
tomu skutečně takto, případně jak to bylo technicky provedeno? Jaká byla reprodukovatelnost
přípravy celého výchozího grafenového sensoru bez GOx vrstvy, a následně i včetně
GOx vrstvy?
- Ad 4.4, nemohl by se grafen derivatizovat PSE před transferem na čip?
- 5.1 jsou části c – d asi prohozeny.
Část 5.1, mohlo by být zajímavé proměřit další Ramanovo spektrum i po imobilizaci
GOx. Na obrázku
V diskusi k obr. 5.2 se uvažuje, že na skenech „prosvítá“ i podkladová vrstva SiO2,
pokud to chápu správně. Škoda, že se neoskenoval i SiO2 povrch před depozicí grafenu.
Mám také trochu problém s horizontálními měřítky u AFM skenů; výřez z 5.4A je očividně
1x1 mikrometr, avšak to pak v 5.4B dle úsečky odpovídá 100x100 nanometrů; co je tedy
správně? Profily na 5.4E rozhodně nemohou odpovídat molekulám GOx.
- Část 6.1, proč byl jako „referenční“ elektroda použit wolframový drátek – neušlechtilý
kov, který asi nevyniká stabilitou povrchu ve vodném prostředí; byla řešena velikost
jeho plochy v kontaktu s roztokem a stabilita geometrie vůči vlastnímu GFETu? V této
souvislosti si vzpomínám na diskusi s prof. Janatou, kdy zmínil, že slabinou ISFETů
(a spol.) bývá právě spolehlivost této vnější „referenční“ elektrody.
- Obr. 6.1 potvrzuje, že výsledný sensor reaguje na změnu koncentrace glukosy; dle obr.
6.2 se pak zdá, že odezvy mohou být i rozumně rychlé, i když nejsou uvedeny konkrétní
koncentrace glukosy, ani uspořádání – průtočné – míchané – statické? Dle obr. 6.3
jsou odezvy sensoru velmi pomalé, a opakovatelnost má do ideálu daleko. Bylo by velmi
vhodné střídat vždy signál s glukosou a signál pouze v pufru, aby šla posoudit stabilita
základní linie.
- Bylo by také velmi vhodné přidat kontrolní experimenty, kdy na povrchu sensoru nebude
GOx, ale pouze inertní protein, třeba albumin. U těchto typů experimentů standardně
požaduji zkusit odezvu i v přítomnosti reálného vzorku krve nebo séra – kde glukosové
biosensory fungují již desítky let, zde k tomu ale nemám odvahu.
- Závěrem, pokud se na výsledky podíváme ze strany vědy, byla zpracována kvalitní literární
rešerše, byl zvolen metodicky správný přístup, navrhnuty a realizovány správné experimenty
a adekvátně vyhodnoceny. Bohužel je ale dobré použít i praktický přístup k realizovatelnosti
v praxi – to je zatím zcela mimo realitu, zvláště ve srovnání se spolehlivě fungujícím
amperometrickým glukometrem dostupným v každé lékárně za rohem. Někdy, nebo velmi
často, se nevyplácí vycházet z „optimistických“ výsledků publikovaných v odborné literatuře…
Nakonec musím ocenit sepsání práce v kvalitním anglickém jazyce.