POLZEROVÁ, N. Metody predikce sekundární struktury RNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Předložená bakalářská práce pojednává o metodách predikce sekundární struktury RNA. V teoretické úvodu se studentka zabývá popisem struktury RNA, a to zejména strukturou sekundární a metodami jejich predikce. Literární rešerše je podrobná a poskytuje vhodný základ pro praktickou část práce. V ní studentka sestavila dataset RNA sekvencí s predikovanými sekundárními strukturami a následně implementovala tři vybrané algoritmy pro predikci sekundárních struktur RNA. Implementaci vybraných algoritmů se studentka věnovala velmi poctivě, svůj postup pravidelně konzultovala. O to víc mě ovšem mrzí, že studentka nevěnovala větší pozornost a více času technické zprávě. Implementace algoritmů není příliš srozumitelně popsána a odkazuje se na vytvořené vývojové diagramy. U nich často chybí definované vstupy, výstupy, značení cyklů apod., kvalita obrázků je také diskutabilní. V závěrečné části práce jsou implementované algoritmy srovnávány na základě predikce sekundárních struktur RNA sekvencí vytvořeného datasetu a jsou ohodnoceny pomocí tří metrik. V poslední kapitole studentka shrnuje, diskutuje získané výsledky a poukazuje na slabé a silné stránky testovaných algoritmů. Po formální stránce je práce na přijatelné úrovni s občasným výskytem gramatických chyb a nevhodných formulacích. Práce čerpá z 63 literárních zdrojů, ovšem dva citované zdroje se v seznamu použité literatury objevují dvakrát a citační styl není jednotný. I přes uvedené výtky považuji práci za zdařilou a hodnotím stupněm B/80 bodů.
Studentka se ve své práci zabývala predikcí sekundární struktury RNA. V prvních dvou kapitolách se věnuje literární rešerši zaměřené na strukturu RNA a metody predikce. Tyto kapitoly jsou detailně zpracované, prezentace, rozsah i formální úprava jsou na velmi dobré úrovni. V následujícím textu studentka popisuje praktickou část práce, ke které mám několik výhrad. V kapitole tři zmiňuje databázi RNA STRAND, ze které vytvořila vlastní dataset. Zde bych očekávala větší rozsah kapitoly, zejména uvedení více databází. Samotný dataset by také mohl být lépe zpracovaný (využití více databází, delší a složitější sekvence). Následně je popsána implementace tří algoritmů. Studentka využila znázornění pomocí vývojových diagramů, které jsou bohužel výrazně nedostatečné. Obrázky jsou rozmazané, chybí části diagramů (začátek a konec, výstupy, části podmínek atd.). Také bych uvítala detailnější popis vytvořených funkcí. Poslední částí práce je vyhodnocení výsledků, k čemuž studentka zvolila výpočet tří metrik. Výstupy jsou sice srovnané mezi sebou, ale chybí okomentování hodnot samotných. Navíc v úvodu kapitoly srovnává skutečnou a predikovanou strukturu pouze vizuálně, což nelze považovat za relevatní zhodnocení. V kapitolách se nachází několik hovorových výrazů, překlepů a hrubek (např. algorytmy v nadpise kap. 4). Studentka použila celkem 63 literárních zdrojů, některé z nich jsou z odborných zahraničních zdrojů, obvykle článků. Vyskytuje se ale i několik nevhodných zdrojů (Wikipedia a řada online stránek). Citační styl je nejednotný. Všechny body zadání považuji za splněné a i přes uvedené výtky práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm C (70 bodů).
eVSKP id 134377