KADLEC, F. Segmentace snímků srdeční svaloviny zachycených pomocí mikroskopie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2022.
Předložená diplomová práce popisuje vývoj a evaluaci software pro detekci kardiomyocytů ve snímcích zachycených pomocí konfokální mikroskopie. Za tímto účelem využívá segmentačních map generovaných pomocí hlubokých konvolučních neuronových sítí. Software umožňuje jak trénování, tak inferenci, přičemž výstupy v inferenčním módu odpovídají požadavkům specifikovaným v zadání práce. Interface software odpovídá požadavkům pracovníků Slovenské Akademie věd (SAV), kteří se podíleli na vedení této diplomové práce. Teoretická část práce obsahuje rešerši mapující jak základní, tak i pokročilé techniky využívané k segmentaci obrazu. Student tedy splnil všechny cíle uvedené v zadání diplomové práce. Navíc anotoval snímky, které za účelem této práce poskytla SAV. Student při řešení práce provedl řadu časově náročných experimentů, které sám designoval a navrhl způsob jejich vyhodnocení. Teoretická část práce je logicky strukturovaná a je na vysoké úrovni. Úroveň praktické části je bohužel v tomto ohledu nižší. Díky nevhodnému uspořádání textu se některé informace o implementaci a designu experimentů špatně dohledávají a některé informace se zbytečně opakují. Není jasně formulován účel a způsob realizace jednotlivých experimentů. Výsledky nejsou striktně odděleny od návrhu řešení. V textu jsou dodrženy požadavky na formální úpravu. Grafická úprava je dobrá. Text obsahuje i diskusi, která je na odpovídající úrovni. Vytvořené výstupy jsou relevantní pro použití v praxi. Práci doporučuji k obhajobě. I přes uvedené výhrady považuji práci za velmi zdařilou a hodnotím ji známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků a cílů zadání | A | ||
| Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod | A | ||
| Vlastní přínos a originalita | A | ||
| Schopnost interpretovat dosažené výsledky a vyvozovat z nich závěry | B | ||
| Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii | A | ||
| Logické uspořádání práce a formální náležitosti | B | ||
| Grafická, stylistická úprava a pravopis | A | ||
| Práce s literaturou včetně citací | A | ||
| Samostatnost studenta při zpracování tématu | A |
The goal of the Master’s thesis is to design a software for automated and precise localization of cardiomyocytes of interest in medical microscopy images using image segmentation. Not only was the main goal achieved, a well-developed and easy-to-follow introductory text was also introduced. The text could even be recommended as a simple, yet comprehensive introduction to the topic of image segmentation. The theoretical part of the thesis is well organized, well cited, written with a high level of language competence, and the graphic work is handled on an excellent level. However, there are a few typos here and there that must be corrected, most important ones are in equations (5),(11),(12), and (24). The topic of optical microscopy could have been shortened to fluorescence microscopy, since the medical images were obtained using only that principle. The perfect knowledge of the theory is then proven in the practical part. I admire the overall work of the student, particularly comparing different neural network architectures and providing the two 'best' options for the user to choose from, namely SegNet or Xception U-net. Although this optimilatiy needs to be verified by a richer set of test images. The assignment is clearly fulfilled, and thus I evaluate it by grade A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků a cílů zadání | A | ||
| Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod | A | ||
| Vlastní přínos a originalita | B | ||
| Schopnost interpretovat dosaž. výsledky a vyvozovat z nich závěry | A | ||
| Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii | B | ||
| Logické uspořádání práce a formální náležitosti | B | ||
| Grafická, stylistická úprava a pravopis | A | ||
| Práce s literaturou včetně citací | B |
eVSKP id 137012