ŠVESTKOVÁ, T. Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Studentka Tereza Švestková vypracovala bakalářskou práci na téma Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno. Práce obsahuje od úvodu po závěr 32 stran. Teoretická část práce se zabývá popisem viru SARS-CoV-2, jeho mutacemi a metodami jeho analýzy jako je PCR a sekvenování. V praktické části studentka pracovala s 297 vzorky viru získaných v průběhu skoro tří měsíců. Nejprve provedla vyhodnocení kvality sekvenačních dat a na základě získaných výsledků vybrala vzorky s dostatečnou kvalitou a následně je sestavila. Zde kladně hodnotím, že vyzkoušela oba způsoby skládání, jak k referenční sekvenci, tak de novo. V kapitole 5.1 studentka popisuje, jak u sestavených vzorků vyhledávala jednotlivé geny, u kterých následně hledala mutace. V této části je uvedeno, kolikrát byl u daných vzorků nalezen kompletní či částečný gen (viz Tab. 5.1), ale již zde není vysvětleno, co znamená částečně namapovaný gen, zda mu chybělo pouze pár nukleotidů či zda byla namapována jen dílčí část. Variabilita vzorků byla následně znázorněna pomocí heatmap. Zde mi chybí uvedeno, jak bylo zacházeno s aminokyselinami, které nemohly být přeloženy z nukleotidů (např. z důvodu nenamapování čtení). V další části studentka provedla fylogenetickou analýzu SARS-CoV-2 vzorků, kde vyzkoušela několik způsobu konstrukce stromů. Následně zjišťovala, zda shluky ve stromech patří vzorkům ze stejného časového období a výsledky vyhodnotila pomocí matice záměn, kde ale chybí popsané skupiny, tzn. co je správná skupina a co je skupina, do které byly vzorky nesprávně zařazeny. Po formální stránce je práce na dobré úrovní s minimem překlepů, avšak po odborné stránce se zde vyskytují občas drobné nepřesnosti. Studentka pracovala převážně samostatně, problémy konzultovala a na konzultace chodila připravená. Zadání považuji za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm C/70 bodů.
Studentka Tereza Švestková se ve své práci zabývá analýzou izolátů viru SARs-CoV-2 z FN Brno. Byť se jedná o aktuální téma, které není nutné dlouze představovat, myslím, že se literární rešerše mohla studentka zhostit o mnoho lépe. Práce s literaturou není ideální, referencovány jsou vždy celé odstavce, což u výzkumné bakalářské práce považuji za nešťastné. Mnoho odstavců je pak referencováno z jednoho zdroje z roku 2020, což je na poměry tématu zdroj celkem starý. Celkově rešerše obsahuje mnohá zavádějící či přímo nesprávná tvrzení, např. když studentka popisuje qPCR a real-time PCR jako dvě různé metody, byť se jedná o to samé; automatické sangerovo sekvenování taktéž není založeno na skenování genu, ale využívá kapilární elektroforézu. Nechápu ani kapitolu 3.4.2 Illumina Miseq, což je označení konkrétního přístroje, o kterém ale kraťoučká kapitola nepojednává, navíc ani data použitá v práci nebyla získána tímto přístrojem, nýbrž přístrojem NextSeq. Praktická část práce je bohužel pojata podobným způsobem a mnohá tvrzení nelze pochopit, např. jak může být pomocí SAMtools dosaženo finálního namapování? Také tvrzení, že BAM soubor byl převeden na FASTQ je odvážné. Při nejlepším lze z BAM souboru vygenerovat FASTQ soubor, převést ale určitě nejde. Také mi není jasné, jak při skládání de novo mohl parametr N50 u některých vzorků nabývat hodnot nižších než byla délka čtení. Z textu také není zřejmé, co v tabulce 5.1 znamená počet kompletně či částečně namapovaných vzorků. Není mi tedy jasné, zda templátově složené genomy měly stejnou délku jako genom referenční a zda je výběr genů přes zadané souřadnice korektní, byť dle výsledků to vypadá, že ano. Poslední velkou záhadou je pak pro mě obrázek 6.2, případně příslušné obrázky z přílohy, jejichž popis je nedostatečný. Jak jsem pochopil z přiloženého kódu, tak se určitě nejedná o hierarchické shlukování dendrogramu, což samo o sobě ani nedává smysl (nelze shlukovat strom stromem). Jedná se pouze o vytvoření shluků v daném dendrogramu. Nemyslím si tedy, že by bylo potřeba jej znovu vizualizovat. Diskuse výsledků je provedena rámci kapitoly 6 pouhými dvěma větami, což nepovažuji za dostatečné. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni, má pěknou grafickou úpravu a obsahuje pouze malé množství překlepů a dalších prohřešků. Pro chybějící diskusi výsledků, která je ale jedním z bodů zadání, nepovažuji zadání za bezezbytku splněné. V mých očích působí tato bakalářská práce spíše jako nějaký datový report. I tak ale práce přináší určité výsledky, jejichž pochopení je ale pro chybějící diskusi velmi nesnadné. Práci tedy hodnotím pouze jako dostatečnou.
eVSKP id 142121