ZEMBOL, F. Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Student Filip Zembol vypracoval diplomovou práci zabývající se statistickými testy pro vyhodnocení správnosti konstrukce fylogenetických stromů. Vytvořil podrobnou literární rešerši metod pro konstrukci fylogenetických stromů a zaměřil se na artefakty, které při konstrukci vznikají. Dále vytvořil přehled statistických testů pro fylogenetické stromy, jejichž funkci názorně demonstruje na vlastních naprogramovaných algoritmech. Tyto testy hodnotí správnost stromu hned na několika úrovních, což vyhodnocuje a diskutuje v poslední části práce. Tato část ovšem obsahuje řadu faktických chyb, plynoucí zřejmě ze špatného pochopení teorie, např. nelogické vyhodnocení průměrných sekvenčních vzdáleností získaných různými modely, podobně průměrování vzdáleností sekvencí zarovnaných pomocí různých skórovacích matic, nebo vyhodnocení zkreslení způsobeného matlabovským zaokrouhlením. Po formální stránce práce lze vytknout drobné překlepy a gramatické chyby, ale zejména nedostatečné oddělení teoretické a praktické části práce, která pak působí nesouvisle a je těžké odhalit, co udělal student sám. Přes tyto nedostatky student přistupoval k práci aktivně, pravidelně konzultoval a nad rámec zadání vytvořil grafické uživatelské rozhraní statistického softwaru pro vyhodnocení fylogenetických stromů.
Student Filip Zembol se ve své práci zabýval bioinformatickými metodami pro vyhodnocení fylogentické analýzy. Text práce je v rozsahu 68 stran a obsahuje seznam 33 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce standardně zpracovaná, úprava textu je akceptovatelná. Jednotlivé kapitoly se svým zaměřením částečně prolínají, přičemž správnější by bylo jednoznačně oddělit teoretický popis metod publikovaných jinými autory a originální praktickou část. Ve vlastním textu je občasně použit poněkud neodborný až kolokviální jazyk nevhodný pro závěrečnou práci, v některých částech je text z odborného hlediska nepřesný. Kolísavost kvality textu se projevuje např. i v příliš stručném popisu některých metod či pojmů, např. v kapitole 2.3 - Konstrukční metody fylogenetických stromů. Lze však konstatovat, že celkově práce směřovala k naplnění zadání a to vhodnými způsoby. Ve výsledkové části jsou přehledně uvedeny výstupy jednotlivých realizovaných metod pro hodnocení konstrukce fylogenetických stromů. Z práce není patrné, co je míněno zprůměrňováním vzdáleností mezi jednotlivými taxonomickými jednotkami. Pokud jde o průměr výstupů z různých modelů, jedná se velmi pravděpodobně o statisticky nevhodný přístup k porovnání jednotlivých metod. Přes uvedené formální i věcné nedostatky však práce má svou hodnotu a výsledky jsou užitečné.
eVSKP id 65519