KUKAČKOVÁ, H. Analýza variability intronů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Studentka v práci vytvořila skript pro ověřování konzervativnosti nukleotidů na rozhraní exon-intron, přičemž geny pro tuto analýzu byly načteny z databáze GenBank, ve formátu GenBank. Dále se studentka zabývala vyhledáváním konzervativní sekvence, která se podle literatury nachází v intronech. Relevantnost výsledků práce potvrzuje velikost statistického souboru, což je 5650 intronů. Studentka pracovala na bakalářské práci převážně samostatně, a také byla schopná vyhledávat literární zdroje k dané problematice. Nedostatkem práce v teoretické části je stručný popis metod pro vyhledávání intronů a také zcela chybí popis sekvenčního loga, které studentka používala k prezentaci výsledků. K vysvětlení postupu vyhledávání motivů by bylo vhodné přidat pro snazší pochopení konkrétní příklady. Práce také obsahuje pár překlepů, díky kterým věty nedávají smysl, např. „ Konzervativnost dinukleotidové sekvence GT na počátku nukleotidu se potvrdila“. Výsledky práce však považuji za hodnotné.
Studentka Hana Kukačková se ve své práci zabývala metodami analýzy sekvencí DNA, konkrétně konzervativnosti v intronech. Text práce je v rozsahu 49 stran (bez příloh) a obsahuje seznam 20 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce standardně zpracovaná, úprava textu, popisy obrázků a číslování jsou akceptovatelné. Jednotlivé kapitoly jsou logicky řazeny. Hlavním problémem textové části je značně stručný popis potřebného teoretického základu i použitých metod. Zatímco část týkající se molekulární biologie a genetiky je dostačená, popis existujících metod vyhledávání exonů a intronů je nadměrně stručný na úkor srozumitelnosti. Například genetickému programování je věnováno pouhých 5 řádků a skrytým Markovovým modelům jen 8 řádků. Popis vlastní metody analýzy konzervativnosti je proveden formou popisu vytvořených programových struktur. Zde měl být nejprve uveden matematický či jiný popis zpracování sekvencí následovaný popisem implementace v příslušném programovém prostředí. Pochopit postup analýzy je tak možné pouze při současném studiu zdrojového kódu vytvořeného software. Například loga sekvencí uváděná v části výsledků nejsou v textu vůbec definována (matematickým vzorcem) a způsob jejich vytváření je nutné dohledat v programech. Výstupy práce diskutované v závěru odpovídají očekávání. Je zřejmé, že pro skutečné potvrzení výsledků by bylo nutné zpracovat podstatně větší množství vstupních sekvencí. Zadání práce však bylo splněno.
eVSKP id 65404