NOVOTNÝ, J. Prostorové uspořádání molekul proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Student Jan Novotný se ve své práci zaměřil na vyhodnocení stereochemické kvality záznamu proteinových struktur prostřednictvím grafických závislostí torzních úhlů. Nastudoval dostatečné množství literatury a zpracoval literární rešerši popisující vnitřní uspořádání proteinu po chemické i geometrické stránce. Tato část práce obsahuje velké množství nepřesností plynoucí zřejmě z nedostatečného pochopení tématu. Část o popisu postranního řetězce aminokyselin by bylo vhodné popsat podrobněji, není tak jasné co student v praktické části realizuje. Po formální stránce práce mám jen drobné výhrady k nepočeštěným převzatým obrázkům a tabulkám. V praktické části student vytvořil programové rozhraní prezentující uspořádání páteřní struktury proteinu formou Ramachandranova diagramu a konformace postranních řetězců aminokyselin formou tzv. „chí diagramu“. Ramachandranův diagram vyhodnotil na základě deklarovaných povolených oblastí a u chí diagramu vyhodnotil typické oblasti pomocí Gausova rozložení. Toto vyhodnocení je na poměrně nízké úrovni, obsahuje řadu nepřesností a milných závěrů (např. tvrzení, že databázový nástroj dává mírně odlišný digram než je jeho výsledek, protože zřejmě pracuje se staršími daty). Navíc vyhodnocení stereochemické kvality by mělo obsahovat i další kritéria než jen závislosti torzních úhlů, např. délky vazeb, vazebné úhly apod. Zmíněné nedostatky odpovídají studentově nízké aktivitě v průběhu řešení práce. Celkově hodnotím práci stupněm D a 67 body.
Po formální stránce práce trpí množstvím gramatických chyb, formátování obsahu je nestandardní. Z odborného hlediska je práce slabší ale akceptovatelná. Vyskytuje se zde množství nejasných, či zavádějících formulací, např. "elektronické záření". Ve vzorci 1.1 je chyba v použití odmocniny. Kapitola 2.4 Určování postranních řetězců je příliš stručná. Obecně je problematika nedostatečně vysvětlena. Vytvořený program pro vykreslení Ramachandranova diagramu je sice funkční, ale zdrojový kód je značně neefektivní (přibližných 170 elseif). Student program testoval pouze na 4 proteinech, které žádným způsobem nepopsal (např. délka a zastoupení jednotlivých aminokyselin). Hodnocení výsledků je nedostatečné a nevhodně prezentované. Jsou zde obrázky Ramachandranových diagramů, pak jejich stereochemická kvalita, opět diagramy tentokrát ve srovnání s diagramy z databáze. Stereochemická kvalita je srovnána s hodnotami z databáze pouze pro 1 protein. Zobrazování postranních řetězců je nedotažené a chybí porovnání s databázovými údaji. Zadání bylo splněno ač s výhradami a málo kvalitně.
eVSKP id 65411