BRABENCOVÁ, K. Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Předložená diplomová práce splňuje všechny body zadání. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni. V některých kapitolách se opakovaně sdělují tytéž informace. Celá kapitola 3 by byla vhodnější jako podkapitola kapitoly 2. V teoretické části postrádám popis určování vnitrodruhové a mezidruhové variability, toto je stručně popsáno v praktické části avšak z hlediska praktické realizace. V kapitole 3.2 se diskutují mylné sekvence v databázích, tvrzení, že sekvence získané z kryo sbírek organismů mohou být mylné, je nesprávné, neboť tyto vzorky jsou brány jako vzoroví jedinci druhů. Získané výsledky vnitrodruhových a mezidruhových variabilit pro všechny protein-kódující úseky mitochondriální DNA jsou cenné, avšak bylo by potřeba zpracovat větší množství dat, což je však vzhledem k nedodržování standardizovaného zápisu v databázi značně časově náročné z hlediska manuálního vybírání vhodných dat. Přes uvedené nedostatky práce splňuje požadavky kladené na diplomovou práci.
Studentka Klára Brabencová se ve své práci zabývala studiem genetické variability mitochondriálních genů kódujících proteiny u živočichů za účelem vyhledání vhodného genu pro identifikaci organismů metodou barcoding. Studentka vypracovala odpovídající literární rešerši k tématu a splnila všechny body zadání. Vzhledem k poměrně nízké náročnosti samotného zadání, bych však očekávala preciznější vyhodnocení variability na větším množství dat, pro více různých kmenů a tříd organismů. K vyhodnocení genetické variability by bylo vhodné využít místo průměrné proporcionální či evoluční vzdálenosti sekvencí např. standardizovaný parametr míra entropie používaná pro popis konzervovanosti sekvenčních motivů. Srovnání výstupů klasifikace je často pouze subjektivní např. slovní hodnocení „dendrogram je velice podobný“, namísto využití objektivních parametrů jako jsou vzájemné korelace dendrogramů či Robinson-Fouldova vzdálenost fylogenetických stromů. Srovnání uvedených genů by bylo vhodné doplnit i o vyhodnocení variability dvou ribosomálních podjednotek mitochondriální DNA 12S a 16S rRNA, zejména vzhledem k tomu, že druhá uvedená je považována za standard ke klasifikaci organismů. Odborná stránka práce obsahuje řadu vágních informací nebo nepřesností např. vztah pro Kimurův model uvedený na str. 22 postrádá vysvětlení použitých parametrů. Formální stránka práce je na dobré úrovni, vytknout lze pouze nižší kvalita některých obrázků, zejména výskyt gramatických značek v blokových schématech.
eVSKP id 73035