MARTAUS, P. Vyhledávání přesných a přibližných repetic v sekvenci DNA na základě porovnávaní znaků [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Teoretická část práce pojednává o typech repetitivních sekvencí a algoritmech pro jejich vyhledávání. Popis algoritmů je stručný, což snižuje kvalitu pochopení problematiky pro čtenáře. V praktické části se student věnoval sestavení programu pro detekci tandemových repetic pomocí porovnávání znaků. Práce podrobně diskutuje činnost navrženého algoritmu a výsledky detekce repetic jsou uspokojující. Zhodnocení výsledků obsahuje několik hůře pochopitelných odstavců, což je způsobené stylistikou autora. Výsledkem studentovy práce je program použitelný pro vyhledávání přesných i přibližných repetic.
Student Pavel Martaus se ve své práci zabýval problematikou vyhledávání repetic v DNA sekvencích na základě porovnávání znaků. Podle zadání se zaměřil na využití Hammingovy vzdálenosti a na tvorbu příslušného programového vybavení. Práce je celkově stručná, řada částí by mohla být detailněji popsána. Například vlastní problematika repetic je poměrně bohatá a obvykle vyžaduje větší prostor k vysvětlení. V současnosti je používána celá řada metod vyhledávání repetic, což se mohlo odrazit v detailnějším přehledu. Student vše popsal pouze na 3 stranách, chybí kritický přehled a uvedení vlastností existujících metod. Lze však konstatovat, že celkový rozsah bakalářské práce je akceptovatelný. Kapitola 3 Návrh algoritmu popisuje vlastní řešení studenta – tedy vyvinutý algoritmus, a to sice stručně, ale srozumitelně. Oceňuji uvedení vysvětlujícího popisu programu na příkladu. Realizovaný algoritmus byl podle zadání otestován na vybraných sekvencích (umělých i reálných) a výsledky byly vyhodnoceny z hlediska výpočetní náročnosti a přesnosti. Zde chybí uvedení specifikace hardwarového a softwarového vybavení použité výpočetní techniky, což by umožnilo zhodnocení výsledného výpočetního času. Pro komplexnější náhled na vlastnosti algoritmu by také bylo nutné vše ověřit na rozsáhlejším souboru sekvencí s označenými repeticemi, nicméně pro účely bakalářské práce lze předložené výsledky akceptovat jako dostatečné. Kapitola 4 Závěr shrnuje výsledky řešení. Zde jsou použity poněkud vágní formulace, student se ale alespoň snažil o jistou diskusi. Při porovnání s výsledky uvedenými v kapitole 3 si lze udělat na vyvinuté řešení dostatečný náhled. Závěrem lze konstatovat, že práce se jeví jako dokončená bakalářská práce, byť trpí stručností a malou propracovaností zvláště v části popisu a diskuse výsledků. V předložené podobě je však akceptovatelnou zprávou o technickém řešení.
eVSKP id 61194