KALIANKOVÁ, K. Znakově-orientované metody DNA barcodingu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Předložená diplomová práce je vypracována na celkem 58 stranách včetně příloh. Vlastní realizace a výsledky jsou popsány na 15 stranách. Po formální stránce je práce na přijatelné úrovni. Vytknout lze občasné překlepy či gramatické chyby. Množství formulací v teoretické části je nepřesných či matoucích (např. „program BLAST je poměrně citlivý“, není však vysvětleno, co to znamená). Obrázky v přílohách postrádají popis, ten je uveden jen v textu práce. Seznam literatury obsahuje 19 položek, přičemž jde převážně o cizojazyčnou literaturu. V rámci diplomové práce je množství citovaných zdrojů na minimální přijatelné hranici. Studentka využila několika konzultací, ale při řešení práce nebyla iniciativní, nepřišla s žádným návrhem vlastního řešení a držela se pouze pokynů vedoucí. Zadání práce bylo splněno na minimální přijatelné úrovni. Implementovaný algoritmus je velice jednoduchý, ale byl otestován na přijatelném množství reálných dat.
Studentka Kateřina Kalianková (roz. Lesáková) se ve své práci zabývá identifikací sekvencí pomocí DNA barcodingu. Diplomová práce tématem odpovídá diplomové práci, kterou studentka v minulém akademickém roce neobhájila. Práce však byla značně přepracována a to nejen v oblasti výsledků analýz, ale taktéž v oblasti literární rešerše. Práce jako celek je nyní lépe členěna a sleduje jednotlivé body zadání. Byť je podložena o polovinu větším množství referencí, 19 zdrojů mi pro tento typ práce připadá stále jako nedostatečný. Práce s literaturou navíc není ideální, což má za následek, že některá tvrzení nejsou přímo podložena a některé formulace shledávám jako vágní, či přímo nesprávné. Příkladem může být například četnostní profil zarovnání, na kterém je založena autorčina vlastní metoda barcodingu a který nesprávně označuje jako pozičně váhovanou matici. Po formální stránce práce trpí také několika nedostatky, kromě překlepů například tím, že některé latinské názvy nejsou psané kurzívou. Výsledky vyhodnocení funkce vlastního algoritmu jsou interpretovány pomocí „nějakého“ skóre, pro které ale není poskytnut ani vzorec výpočtu, ani reference, ani název, kterým by šlo skóre označit. Pravděpodobně výpočet tohoto skóre navrhla studentka sama, což není nutně špatně, v práci ovšem chybí vysvětlení, jaké hodnoty tohoto skóre lze považovat za vyhovující a je tak velmi těžké navržený postup posoudit. Minimálně dle popisu však navržený postup smysl dává a věřím, že poskytnuté výsledky ukazují, že funguje správně. Byť práce trpí mnohými nedostatky, všechny body zadání studentka splnila, a to na takové úrovni, že práci doporučuji k obhajobě.
eVSKP id 93338