BRACKOVÁ, M. Analýza konfluence adherentních buněk ve 2D kultuře [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.

Posudky

Posudek vedoucího

Baiazitova, Larisa

V bakalářské práci se studentka seznámila s principem kultivace buněk, použitím povrchové úpravy pro zvýšení adheze buněk, technikami fluorescenční a konfokální mikroskopie. Řazení kapitol je přehledné a celkově je práce srozumitelná, ačkoliv po odborné stránce obsahuje neodborné vyjadřování zejména v popisu praktické části. Po formální stránce vytýkám kvalitu citovaných obrázků, a také obrázek č. 6.2 v praktické části. Výsledek segmentace jader na obrázku č. 6.7 není reprezentativní. Použitá literatura je složena z relevantních zdrojů a obsahuje také množství zahraničních publikací. Navržený algoritmus pro analýzu snímků považuji za použitelný. Studentka pravidelně docházela na laboratorní experimenty, ocenila bych však její lepší aktivitu. Zadání bakalářské práce považuji za splněné, práci hodnotím stupněm C/77 bodů a doporučuji k obhajobě.

Navrhovaná známka
C
Body
77

Posudek oponenta

Čmiel, Vratislav

Představená práce je o dostatečném rozsahu, dobře strukturovaná, přehledná a jednotlivé části mají návaznost a logické řazení. Formální stránku práce kazí jen malé nedostatky, jako snížená kvalita obrázků (např. Obrázek 5.4.) nebo nevhodné umístění odkazů na literaturu u obrázků formou plného textu odkazu místo číselného značení. Údaje uváděné v obrázcích a tabulkách převzaté ze zahraničních zdrojů by měly navíc být v českém jazyce. V praktické části následuje postup experimentů, který je však špatně srozumitelný. Důvodem je nevhodně zvolená větná stavba či nevhodné tvary trpného rodu. Příkladem je text: “Objemy se přidávaly na základě velikosti jamek. Prvním krokem bylo z konfluentní misky odsát veškeré médium.” Studentka se v praktické práci zabývala hodnocením konfluence buněk z mikroskopických snímků a k danému účelu provedla řadu statistik a výsledky přehledně graficky zobrazila. Zadání tak považuji za splněné. Negativně ale hodnotím samotný postup obrazového zpracování a detekce buněk uvedený v kapitolách 6.4-6.5. Úsek obsahuje řadu nepřesností. Na Obrázku 6.2 jsou zobrazeny celkem tři ukázkové snímky ze světelného mikroskopu, které jsou naprosto nečitelné. I přesto, že se studentka zabývá zpracováním snímků z konfokálního mikroskopu, ukázka snímků a jejich charakteristika zcela chybí. Jedna z metod v použitých v práci se zabývá detekcí jader. Jediný výsledek je zobrazen na Obr. 6.7., kde je i přes tvrzení studentky, že se jedná o detekovaná jádra, přítomen pouze binární obrázek s vyobrazenými jádry. Popsané postupy zahrnující využití funkcí Matlabu pro základní zpracování a analýzu obrazů jsou na nízké úrovni a chybí zde jejich detailnější popis. Dostupný strohý popis algoritmů je často podán velice neodborným jazykem a bývá ne vždy srozumitelný. Cituji příklad postupu pro detekci a počítání jader: “Jednotlivá jádra jsou označkována a na základě toho je vybrán objekt s maximální hodnotou, která značí poslední objekt ve snímku. Tím je získán počet jader ve snímku.” Na základě popisu a dostupných ukázek nelze zhodnotit detekční úroveň algoritmu a studentka sama úspěšnost detekce také nijak nekvantifikuje. Proto k této části směruji přiloženou otázku. Celkově práci hodnotím stupněm C.

Navrhovaná známka
C
Body
70

Otázky

eVSKP id 102300