MARTAUS, P. Vyhledávání přesných a přibližných repetic v sekvenci DNA na základě porovnávaní znaků [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Teoretická časť práce načrtáva problematiku spôsobu detekcie repetitívnych sekvencií. Koncepcia teoretickej časti je na hranici akceptovateľnosti, chýba tu podrobnejší popis repetitívnych sekvencií a algoritmov používaných pre vyhľadávanie repetitívnych sekvencií. Študent sa venuje popisu troch algoritmov. Prvý algoritmus je popísaný na viac ako dvoch stranách, ďalším dvom je venovaných sotva pár riadkov. Študent využíval anglickú literatúru a preklad obsahuje viacero logických chýb. Svetlejšou časťou práce je praktická časť, študent zostavil program pre vyhľadávanie repetitívnych sekvencií založený na porovnávaní znakov a nad rámec zadania vytvoril aj grafické užívateľské rozhranie. Práca podrobne popisuje činnosť navrhnutého algoritmu. Zhodnotenie výsledkov je veľmi strohé a nie celkom zrozumiteľné (Tab. 2.2). Z vyskúšania programu ale konštatujem, že program pracuje správne a je použiteľný pre vyhľadávanie presných aj približných tandemových repetícii.
Student Pavel Martaus se ve své práci zabýval problematikou vyhledávání repetic v DNA sekvencích na základě porovnávání znaků. Podle zadání se zaměřil na využití Hammingovy vzdálenosti a na tvorbu příslušného programového vybavení. Práce má řadu závažných nedostatků. Text především trpí nadměrnou stručností na úkor srozumitelnosti. Kapitola Úvod má stěží 9 řádků a připomíná spíše abstrakt práce. Kapitola 1 Teoretický rozbor obsahuje 8 stránek textu, na jehož základě nepoučený čtenář nemůže vůbec pochopit důvody vedoucí k vyhledávání repetic a ani zásadní principy takového vyhledávání. Vlastnímu vyhledávání z nukleotidových sekvencí je věnováno velmi málo prostoru, není zde uveden žádný kritický přehled nebo uvedení vlastností existujících metod. Analýze na základě pravděpodobnostního modelu je věnováno 5 řádků, analýze na základě Hammingovy vzdálenosti necelé 4 řádky. Následující kapitola 2 Návrh algoritmu sice popisuje vyvinutý algoritmus, bohužel částečně nesrozumitelným způsobem s využitím nepřesných formulací typu "Ve 4. bloku nastane nejdůležitější část programu". Celá kapitola 2 obsahující vlastní přínos studenta zahrnuje celkem 15 stránek, většinu ale tvoří obrázky a 3,5 strany výpisu programu. Vyhodnocení výsledků je uvedeno v kapitole 2.5 na polovině strany, přičemž se většinou jedná o velmi mlhavé informace bez kvantitativních údajů. Většina této kapitoly uvádí, co by se dalo zlepšit na vytvořeném programu. Kapitola 3 Závěr obsahuje celkem 10 řádků obecných neužitečných informací. V práci tak zcela chybí požadovaná diskuse získaných výsledků a vyhodnocení účinnosti a využitelnosti řešení. Závěrem lze konstatovat, že práce se jeví jako nedokončená a v této podobě není akceptovatelnou zprávou o technickém řešení. Obsahuje ale užitečné výsledky ve formě vytvořeného funkčního programu. Domnívám se, že dopracováním textové části může vzniknout kvalitní hodnotná práce.
eVSKP id 51807