PELIKÁNOVÁ, V. Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Studentka Veronika Pelikánová se ve své diplomové práci zabývala zpracováním dat z automatické čipové elektroforézy za účelem genotypizace bakteriálních profilů získaných metodou rep-PCR. K tématu vypracovala přehlednou literární rešerši jak obecně zaměřenou na DNA amplifikační metody pro genotypizaci bakterií, tak technicky zaměřený popis fyzikálního principu elektroforetické separace doplněný přehledem současných variant této technologie. V praktické části práce navrhla a realizovala vlastní programové rozhraní pro genotypizaci bakteriálních rep-profilů, kde inovativním způsobem realizovala kritický krok zarovnání stejně velkých DNA fragmentů zkreslených omezenou přesností a rozlišovací schopností přístroje. Vytvořený program doplněný o praktické GUI bude využíván v Dětské nemocnici (FN Brno) pro rutinní identifikaci bakteriálních kmenů, kde může zastoupit velmi nákladné komerční aplikace. O kvalitě zpracování svědčí i úspěšná prezentace výsledků práce na studentské soutěži EEICT 2018. Studentka přistupovala k práci velmi aktivně, samostatně a své výsledky pravidelně konzultovala. V práci vytýkám jen místy kostrbaté vyjadřovací schopnosti a náchylnost k využívání anglických pojmů namísto českých ekvivalentů. I přes uvedené výtky považuji práci za velmi kvalitní a prakticky přínosnou. Proto hodnotím stupněm A - 94 body.
Diplomová práce studentky Veroniky Pelikánové se zabývá automatickou genotypizací bakteriálních kmenů pomocí metody rep-PCR. Zpracovaná literární rešerše na téma metod elektroforetické separace vzorků DNA je dostatečně obsáhlá a dobře zpracovaná. Studentka vytvořila kvalitní programové řešení včetně uživatelského rozhraní pro zpracování dat z čipové kapilární elektroforézy. Svoji aplikaci otestovala na reálných datech poskytnutých externím pracovištěm a dosáhla velmi dobrých výsledků. Z formálního hlediska mám několik výtek: je zde nemálo anglických odborných výrazů, které však mají český ekvivalent, např. slovo accuracy; Tab. 1 zbytečné rozdělení slova diskriminační síla; Obr. 16 špatný směr textu popisků a pár dalších menších chyb. Dojem z práce poněkud kazí místy těžkopádné vyjadřování, které ztěžuje srozumitelnost textu, i když studentka používá krátké věty. I přes uvedené výtky je práce kvalitní, přinesla hodnotné výsledky a vytvořená aplikace nachází potenciální využití v klinické praxi. Práci doporučuji k obhajobě s hodnocením B, 85 bodů.
eVSKP id 110558