SVOBODA, M. Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Student Matěj Svoboda vypracoval bakalářskou práci na téma „Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu“. Text práce má od úvodu po závěr 37 stran a dalších 34 stran tištěných příloh s tabulkami výsledků, které však mohly být uvedeny pouze jako elektronické přílohy. Ačkoliv zadání práce nebylo triviální, s pravidelným využíváním konzultací nemělo být problematické. Bohužel student pravidelných konzultací nevyužíval, veškerá komunikace se omezila na řešení několika drobných problémů. Rozpracovaná práce předložena nebyla, zaslána byla pouze část textu o metodách Li-Wu-Luo a Nei-Gojobori (kap. 2.1 a 2.2). V práci je uvedeno 37 odborných literárních zdrojů, přičemž převažují zdroje anglicky psané. Z textu práce, především z literární rešerše, je však zřejmé, že pochopení odborného anglicky psaného textu dělalo studentu velké potíže, což vyústilo v zaměňování některých pojmů jako je evoluční vzdálenost, selekční tlak a poměr nesynonymních/synonymních mutací, což jsou pro práci pojmy stěžejní. Práce trpí množstvím formálních nedostatků: velké množství překlepů a gramatických chyb, používání slova standartní místo standardní a metionin místo methionin, odkazy na literatury nejsou sousledné, nejednotná velikost písma vzorců, nízká kvalita některých obrázků především v kapitolách vlastního řešení a další. Největší nedostatky jsou však odborné. Literární rešerše je plná zmatečných tvrzení ukazující na mělký vhled do problematiky. Student měl prakticky realizovat výpočet poměrů nesynonymních a synonymních mutací v mitochondriálních genech a výsledky porovnat s nástrojem PAML. Student vytvořil množství funkcí v jazyce R, jejich vysvětlení je však v práci nedostatečné. Některé programové kódy jsou funkční (extrakce genů ze souborů a jejich uložení do samostatných souborů a zarovnání na aminokyselinové úrovni), avšak jejich spuštění vyžaduje dobrou znalost jazyka R, neboť způsob spouštění popsaný v návodu není dostatečný a obsahuje chyby. Kódy jsou velmi nepřehledné, většinu funkcí ani nejde věrohodně otestovat. Chybí otestování výpočtu poměru mutací na umělých či známých datech, aby se ověřila funkčnost. Předložené výsledky v porovnání s výsledky referenčního nástroje PAML jsou signifikantně odlišné, důvod není dostatečně diskutován, objevuje se pouze tvrzení, že způsob výpočtu byl zjednodušen, avšak popis tohoto zjednodušení chybí. Je zřejmé, že student věnoval řešení hodně času, bohužel však způsob řešení, diskuze výsledků a textová prezentace jsou na nízké úrovni a musím konstatovat, že zadání nebylo splněno. Práci hodnotím stupněm F, 40 bodů.
Student Matěj Svoboda se ve své práci zaměřil na vyhodnocení míry pozitivní a negativní selekce u obratlovců i bezobratlých organismů na základě mitochondriálních genů. Přestože je teoretická část poměrně obsáhlá a podložena 37 kvalitními, převážně zahraničními literárními zdroji, je již zde patrné neostatečné pochopení tématu táhnoucí se celou prací. Z největších nedostatků zde uvádím neustálé zaměňování pojmů evoluční vzdálenost, selekční tlak a poměr synonymních a nesynonymních mutací. Přestože tyto pojmy spolu souvisí, nejedná se o synonyma, jak si student zřejmě myslí viz kap. 1.5. V první kapitole o biologické evoluci popisuje strukturu a funkci genu, ale vše zaměřené jen obecně na standardní lineární jadernou DNA, přičemž by se měl zaměřovat na mitochondriální geny, na které je práce zaměřena. Dále kapitola 1.3 Genomové mutace vůbec nepojednává o genomových mutacích, ale spíše o genových a to zejména na úrovni bodových změn, které se na úrovni celých genomů prakticky neprojeví. V textu se často vyskytují i chyby plynoucí zřejmě z chybného pochopení anglických zdrojů (např. zavedení neznámého pojmu „izonukleocin“ bez vysvětlení (str. 22) nebo 4. odstavec na str. 20, kde je k nesmyslnému překladu zachován i originální anglický text a odstavec je nedokončen). Na straně 19 nahoře uvádí, že metoda NG86 nepracuje s terminačními kodóny, což není pravda a tak jak ji má popsanou v teorii, terminační kodóny zohledňuje. Popis praktické realizace vybraných dvou metod ke stanovení poměru synonymních a nesynonymních mutací je nedostatečný a dosažené výsledky správnost realizace neprokazují. Blokové schéma popisující princip programové realizace nedává smysl a není v textu řádně vysvětleno. Student zde prakticky vůbec nepopisuje, jak obě metody realizuje, naopak zbytečně podrobně popisuje obecný princip zarovnání sekvencí. Jako nejstěžejnější část praktické realizace pak působí využití funkce „grep“, která slouží jen k porovnání názvů genů. Výsledky svých programových realizací srovnává s aplikací PAML, kde jsou obě metody realizované. Rozdíly výsledků obou realizací stejného algoritmu jsou poměrně výrazné a student v diskuzi nenabízí dostatečné vysvětlení odchylek. Zmiňuje zde jen u metody LWL85 zavedení jakéhosi zjednodušení algoritmu, to však v práci nepopisuje. Druhá část analýzy zabývající se odhalením lokálních míst v genu podléhajících selekci využívá zcela nevhodně zvolené velikosti plovoucích oken, kde namísto jednotek až desítek aminokyselin jsou to stovky. Proto se studentovi prakticky nepodařilo pozitivní selekci ve srovnávaných sekvencích lokalizovat. Bylo by vhodné si pro ověření funkčnosti algoritmů zvolit sekvence z literatury, kde je výskyt selekce potvrzen. Ověření správnosti praktické realizace není snadné ani pomocí přiložených programových kódů, protože v práci ani v jednotlivých funkcích není uvedeno, co která funkce řeší. Formální stránka práce je rovněž na nedostatečné úrovni. Vyskytuje se zde velké množství překlepů v textu a prakticky ve všech studentem vytvořených obrázcích. Nekvalitu grafických výstupů podtrhuje i nejednotné formátování textu popisků, nevhodný výskyt formátovacích značek a gramatických podtržítek. V textu pak chybí nebo je nejednotně využíváno označování horních a dolních indexů. Z uvedených důvodů hodnotím práci jako nedostatečnou s celkovým počtem bodů 40.
eVSKP id 110660