DRŠATA, M. Rigorózní simulace interakce světla s buňkami [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2015.

Posudek vedoucího

Petráček, Jiří

Práce se týká oblasti rigorózního modelování interakce světla s tkáňovými buňkami. Smyslem zadání bylo získání vlastních zkušeností v této poměrně složité problematice a schopností samostatně provádět daný typ simulací. Podle zadání se autor nejprve seznámil s principy a možnostmi metod, které se k tomuto účelu používají a poté se podrobněji zaměřil na metodu konečných diferencí v časové oblasti, jejíž vlastnosti, po prostudování dostupné literatury, vyhodnotil jako nejvýhodnější. Vlastnosti metody si ověřil na simulacích dvou modelů buněk; jednalo se o sférickou geometrii a dále jednoduchý model červené krvinky. V případě sférického modelu také provedl simulace založené na Mieově teorii rozptylu. Při výpočtech byl zejména sledován vliv různých numerických parametrů na přesnost výsledků. Jako vedoucí práce mohu konstatovat, že požadavky a cíle zadání byly splněny. Pan Dršata se dokázal na požadované úrovni zdařile orientovat v dané problematice a samostatně vyhodnocovat výsledky jednotlivých numerických experimentů. Možná mohl pouze provést poněkud podrobnější rešerši používaných buněčných modelů, avšak uznávám, že tento úkol by přesahoval rámec bakalářské práce, protože popisy různých modelů v odborné literatuře nejsou vždy dostatečné. Předložená práce však vykazuje řadu formálních a drobných věcných chyb. Většině chyb by se autor jistě mohl vyhnout, kdyby práci řádně zkontroloval. Tato skutečnost se negativně odráží ve výsledném hodnocení.

Posudek oponenta

Kalousek, Radek

Bakalářská práce je zaměřena na výpočty rozptylu světla na neabsorbujících částicích. Tyto výpočty mohou být využity pro interpretaci výsledků získaných při zkoumání buněk pomocí detekce rozptýleného světla při jejich osvitu. Text však bohužel trpí větším množstvím chyb formálního ale i obsahového charakteru, např.: 1. Abstrakt: Autor nazývá tu část bakalářské práce, která je zaměřena na simulace rozptylu světla, experimentální částí, což může čtenáře uvést v omyl. Experimentem by se zde rozumělo spíše empirické měření rozptylu světla na buňkách. 2. Str. 5 a 6, vztahy číslo (2.3) a (2.4): Gaussův zákon se týká indukcí, ne intenzit! 3. Str. 6, 1. odst.: V textu je komentována vektorová veličina j_H jako plošná hustota proudu, avšak v příslušné Maxwellově rovnici je označena j_F. 4. Str. 6, 2. odst.: Ze vztahů (2.1) a (2.2) neplynou vztahy (2.5)-(2.10). Aby je bylo možné odvodit, bylo by třeba uvést vztahy mezi indukcemi a intenzitami polí a také Ohmův zákon v diferenciálním tvaru. 5. Str. 11, vztahy (2.21) a (2.22): Veličinou r (bez šipky) je v textu míněna „souřadnice bodu na povrchu rozptylové částice“. Tato veličina je ale zřejmě polohovým vektorem a šipka nad ní tudíž chybí. 6. Str. 11, vztahy (2.25) a (2.26): Zřejmě zde chybí dvě pravé závorky. 7. Str. 13, vztahy (2.34)-(2.37): V textu není vysvětleno, co znamenají veličiny m_1 a k_2. Označení x ve vztazích (2.36)-(2.37) se rozumí velikostní parametr definovaný vztahem (1.1) nebo nějaká jiná veličina? 8. Str. 15, vztah (2.41): Tento vztah, dle textu, popisuje veličinu nazvanou „intenzita v dalekém poli“ označenou písmenem F (bez šipky). V tomto vztahu autor používá symbolů r, x a y se stříškou, avšak v textu není vysvětleno, co tyto symboly znamenají. Čtenář musí pomocí rozměrové analýzy dovozovat, co se veličinou F myslí. Pokud mají symboly r, x a y se stříškou znamenat vektory, pak by i veličina F měla být vektorová. 9. Str. 19, vztah (3.1): Ve výrazu pod odmocninou se od 1 odečítá veličina, která není bezrozměrná. Byla zde zapomenuta závorka? V závorkách u konstant C_2 a C_4 v hranaté závorce jsou opět veličiny, jež nejsou bezrozměrné. Měly být exponenty 2 a 4 vně kulatých závorek? 10. Str. 22, obr. 4.1: Průměr buňky je označen d_2 a průměr jejího jádra d_1. V textu se však oba průměry nazývají jinak: d a d_j. 11. Str. 31: 2. a 3. odst.: Autor zde komentuje srovnání výsledků své simulace s grafy v článku [5], které bohužel nejsou součástí bakalářské práce. Buď musí čtenář věřit autorovým komentářům, anebo si příslušný článek vyhledat. V textu se dále vyskytuje velké množství překlepů. Autor namísto desetinných čárek někde užívá desetinných teček. Literatura je uváděna nejednotně, odkazy č. [5] a [20] se zřejmě týkají stejného článku. Závěrem konstatuji, že autor sice splnil požadavky a cíle zadání, avšak vzhledem k nízké úrovni předložené práce ji hodnotím výsledným klasifikačním stupněm uspokojivě/D.

eVSKP id 83701