KOVÁŘOVÁ, A. Porovnání a optimalizace měření single-echo a multi-echo BOLD fMRI dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Diplomová práce se zabývá funkčním zobrazováním mozku pomocí magnetické rezonance (fMRI) a to z pohledu porovnání single-echo a multi-echo dat a využitím poznatků k optimalizaci měřících protokolů. Předložená diplomová práce má 80 stran. V teoretické části je provedena rešerše tématu – zejména měření a zpracování fMRI dat. V praktické části je představen měřící protokol, podle něhož byla naměřena data pro účely porovnání single-echo a multi-echo fMRI dat. Následně je představen postup zpracování naměřených dat a jsou prezentovány výsledky. Práce přináší užitečná a prakticky použitelná zjištění, která přispějí k optimalizaci měřících protokolů fMRI studií v Laboratoři multimodálního a funkčního zobrazování CEITEC MU. Většina závěrů je ve shodě s literaturou a očekáváním a potvrzuje výhody multi-echo dat, zejména při zaměření se na rychle měřená data. Výjimečně se ale objevuje i překvapivé zjištění (snížení hodnoty percent signal change u multi-echo dat), jehož podrobné vysvětlení ale vyžaduje hlubší analýzu nad rámec (a původní záměr) diplomové práce. Studentka se účastnila aktivně konzultací, podílela se na vlastním měření v MR laboratoři a osvojila si zpracování fMRI dat s využitím software Matlab, SPM12 a vlastních skriptů naprogramovaných v prostředí Matlab. Cíle práce považuji za splněné a práci doporučuji k obhajobě s hodnocením A (91 bodů).
Předložená diplomová práce představuje studii funkční magnetické rezonance (fMRI) na dobrovolnících směřující k optimalizaci parametrů akvizice a předzpracování. Práce je dobře členěna a srozumitelně napsána, formální zpracování je také v pořádku. Teoretická část obsahuje poměrně rozsáhlou rešerši základů MRI akvizice, se zaměřením na metody pro fMRI a rešerši metod zpracování fMRI dat. Tato část obsahuje jen několik nepřesností a drobných chyb (např. na str. 28 uprostřed se píše, že Gradient Echo technika dosahuje vyššího SNR než Spin Echo, což při stejných parametrech jako je např. TR, TE, BW není pravda). V praktické části provedla studentka rozsáhlé vyhodnocení dat naměřených na 26 zdravých dobrovolnících pomocí multi-echo EPI sekvence s různými parametry akvizice specifikujícími různou míru zrychlení náběru dat. Těžiště práce spočívalo v porovnání výsledků zpracování, kde se využívá pouze první echo s výsledky využití všech snímaných ech. Podle očekávání bylo jednoznačně lepší využití všech echo signálů. Podle mého názoru by bylo užitečnější porovnat použitou multi-echo akvizici s klasickou single-echo akvizicí, která umožňuje měření s lepším časovým rozlišením, což může kompenzovat výhody více ech v pomalejší multi-echo akvizici. Dále bylo v práci provedeno rozsáhlé a korektní porovnání výsledků z multi-echo EPI sekvence s různými stupni zrychlení. Souhlasím s autorkou, že celková interpretace těchto výsledků by byla nad rámec diplomové práce. Práce je svým rozsahem a úrovní zpracování na diplomovou práci nadstandardní, hodnotím ji jako zdařilou a doporučuji ji k obhajobě.
eVSKP id 110589