CENTNEROVÁ, R. Studium exprese genů u bakterie Cupriavidus necator a dalších vybraných producentů polyhydroxyalkanoátů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.

Posudek vedoucího

Pernicová, Iva

Studentka Radmila Centnerová se v bakalářské práci věnuje optimalizaci metody RT-qPCR a studiu exprese genů u bakterie Cupriavidus necator. Studentka přistupovala k práci s vysokým nadšením. Během experimentální části studentka provedla velký počet experimentů. Musím velmi ocenit, že i přes problémy spojené s optimalizací metody a velkému počtu negativních výsledků, studentka neustále oplývala pozitivním přístupem a nadšením z práce. Studentka si během experimentální části práce rychle osvojila všechny laboratorní postupy. Pracovala vždy svědomitě a pečlivě. V rámci experimentů se studentka naučila vybraným molekulárním technikám, kultivačním technikám, analytickému stanovení i vyhodnocení získaných dat. Také k vypracování textové části práce přistupovala studentka zodpovědně. Využívala konzultace, které vedly ke zlepšení práce s literaturou a jejím zpracováním. Naměřené výsledky správně zpracovala a poté dokázala výsledky popsat a vhodně oddiskutovat. Celkový přístup k práci hodnotím velmi kladně, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm A.

Posudek oponenta

Šedrlová, Zuzana

Studentka Radmila Centnerová se ve své bakalářské práci zabývala studiem exprese vybraných genů zapojených do metabolismu PHA u bakterie Cupriavidus necator H16. V teoretické části jsou představeny polyhydroxyalkanoáty – jejich vlastnosti, význam, biodegradace a metabolismus doplněný o schémata. Kapitola popisující metabolismus PHA obsahuje i přehled enzymů souvisejících s metabolismem PHA, žel dva ze tří sledovaných enzymů nejsou v teoretické části vůbec zmíněny či popsány (4-hydroxybutyrát dehydrogenáza a 4-hydroxyfenylacetát-3-hydroxyláza) – s čímž souvisí otázka č. 1. V teoretické části jsou také představeny bakterie produkující PHA, kdy nejdetailněji je popsán metabolismus bakterie C. necator H16, se kterou bylo dále pracováno. Závěrečná pasáž je věnována teorii genové exprese a její detekci. Kapitola materiál a metody je dostatečně podrobně a srozumitelně popsána do kapitoly 3.5, kde v tabulce 6, 8 a 11 je množství DNA vstupující do reakce uvedeno v mikrolitrech. Bohužel nikde v textu nebo pod tabulkou se nenachází informace o koncentraci DNA, tudíž kapitola není popsána tak, aby bylo možné její případné opakování (s touto problematikou souvisí otázka č. 2). Na str. 42 studentka uvádí, že návod ke kitu pro real-time analýzu doporučuje přidávat vždy 1 µl cDNA získané po reverzní transkripci podle návodu ke kitu Roche. Pro real-time analýzu však byl použit kit od firmy Top-Bio 2x SYTO-9 Master Mix, kde je uvedeno, že koncentrace vstupní templátové DNA se má pohybovat v rozmezí 1 ng/l - 1 g/l (což ve finálním objemu 25 µl odpovídá 0,02 ng/l – 0,02 g/l). S touto problematikou souvisí otázka č. 3. V části Diskuze a výsledky by bylo přínosné zaměřit se na odbornou literaturu a srovnat získané výsledky s již opublikovanými daty týkající se exprese genů zapojených do produkce PHA u bakterie C. necator H16, jelikož se jedná o modelový dobře popsaný druh. Avšak studentka se v rámci diskuze snažila získané výsledky okomentovat a vnést do práce vlastní myšlenky. Závěr je formulován věcně, shrnuje nejdůležitější body a výsledky práce, nicméně nedává výsledky do kontextu (vyšlo/nevyšlo dle očekávání, což potvrzuje, že enzym je/není zapojen do dráhy produkující daný metabolit atd.). V rámci celé práce se studentka naučila kultivační techniky, a také se dokázala popasovat i s pokročilými laboratorními metodami, jako je izolace RNA, RT-PCR a RT-qPCR. Prokázala schopnost samostatné práce podle návodů od výrobců kitů, musela se naučit pracovat rychle, přesně a sterilně. Dokázala na základě získaných výsledků vybrat vhodný kit s ohledem na časovou náročnost a zároveň na výtěžek izolace. Celou prací čtenáře doprovází hojně se vyskytující typografická chyba v zápisu času, kdy chybí mezera mezi číslem a hodinou – „po 24h“ „v čase mezi 16h a 20h“. Celkově práce působí uceleným dojmem, byly splněny všechny cíle práce a jsou obsaženy všechny důležité kapitoly, proto práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm “B”.

eVSKP id 138824