KRUPKA, O. Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Student nastudoval a popsal problematiku detekce hranic a klasifikace vzorků v obrazech 1D gelové elektroforézy. V laboratoři vytvořil vlastní databázi referenčních snímků s ohledem na dosažení co nejvyšší obrazové kvality. Navrhl a realizoval algoritmus detekce vzorků a následně otestoval vhodnost různých metod výpočtu vzdáleností a shlukové analýzy pro jejich klasifikaci. Dosažené výsledky statisticky vyhodnotil. Zadání diplomové práce tak považuji za splněné. Po formální stránce má práce stylistické i gramatické nedostatky. Již v abstraktu jsou dvě chyby. Práce má solidní rozsah 64 stran od úvodu po závěr, přičemž větší část je věnována praktické části. Po odborné stránce nemám k práci výhrady. Student byl během řešení diplomové práce aktivní a pravidelně využíval konzultací. Vytkl bych pouze menší samostatnost při návrhu vlastních řešení. Celkově práci považuji za kvalitní a hodnotím ji stupněm velmi dobře / B.
Předložená práce studenta Ondřeje Krupky se zabývala problematikou klasifikace vzorků nukleových kyselin z obrazu 1D gelové elektroforézy. Shledávám jednotlivé body zadání jako splněné, s následujícími výhradami ke zpracování práce. Teoretická rešerše je na daný typ práce poměrně stručná. Hlavní část, která by měla být věnována klasifikačním metodám, je převážně jen popis názvů metod, navíc bez relevantních citací. Práce obsahuje velmi volně až nesprávně interpretované biologické fakta, např. pojmy jako fluorescenční nukleová kyselina (str. 3), nebo popis vlastností elektroforézy kombinující dohromady náležitosti separace proteinů a nukleových kyselin, které spolu nesouvisí. V praktické realizaci vytýkám zejména nezohlednění logaritmického měřítka u osy x zvolených klasifikačních příznaků (obr. 19 a 20), což může výrazně ovlivnit vzdálenost vzorků v klasifikaci. Přesto, že práce obsahuje rozsáhlou statistickou analýzu, je zde nedostatečně vyhodnocena míra správnosti klasifikace, např. dle přiloženého programu je snímek „elfo_id_11_a.tif“ metodou příznaků klasifikován špatně. Tento údaj je zvoleným kritériem účinnosti vyneseným v krabicových grafech schován. Detekce pozic proužků v kapitole 4.3 tabulce 2 je vyhodnocena pouze na 3 snímcích, zatímco v kapitole 6 je pro samotnou klasifikaci použito 12 snímků. Formální stránka práce je zatížena řadou drobných nedostatků jak gramatických (např. čárky ve větách), tak formátovacích (např.: číslování kapitol a rovnic, chybějící odkazy a položky v tabulkách a nesprávné popisky obrázků).
eVSKP id 84427