FILIPOVÁ, P. Dávkové zpracování perfusometrických MRI dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Studentka se věnovala řešení diplomové práce průběžně a aktivně. V teoretické části prostudovala teorii MRI se zaměřením na perfuzometrické metody DCE a modelování prokrvení tkání pomocí farmakokinetických modelů. V praktické části se musela nejdříve zorientovat ve složité struktuře stávající webové aplikace PerfLab pro perfuzní analýzu MRI dat, vyvíjené na ÚPT AV ČR. Studentka v této fázi vytvořila přehledný diagram struktury grafického rozhraní, návaznosti jednotlivých kroků analýzy a skriptů. V praktické části modifikovala grafické rozhraní a rozšířila dodané skripty, aby umožňovaly dávkové zpracování datasetů, a naprogramovala skripty a grafické rozhraní pro statistické vyhodnocení datasetů dané studie. Přitom se také podílela na odladění php skriptů PerfLabu dodávaných externím programátorem. Výslednou verzi aplikace PerfLab studentka ověřila na preklinických datech, na jejichž akvizici se aktivně podílela. Studentka se po překonání počátečních obtíží dobře zorientovala v poměrně komplexní struktuře aplikace PerfLab a přispěla k rozšíření jeho funkčností. Práce na projektu mohla probíhat s větší samostatností.
Diplomová práce se zabývá perfusometrickou metodou DCE-MRI metodou, založenou na akvizici T1 váhovaných obrazů se současným použitím kontrastní látky. Úvodní teoretická část MR zobrazování místy obsahuje nepřesné, nekompletní, nebo příliš obecné formulace (/např. označit difusibilní látky jako neschopné projít buněčnou stěnou je nevhodný popis, stejně jako, že DCE vyžaduje nízké prostorové rozlišení. Nízké prostorové rozlišení je daní za vysoké časové rozlišení, chybné označení konvolučního operátoru apod./). Celkově je ale rozsahově adekvátní tématu. Hlavní jádro práce je směřováno na modulární webovou aplikaci PerfLab, která umožňuje zpracovávat tyto typy měření a vyhodnocovat funkční parametry tkání. Tyto analýzy bylo zatím možné provádět pouze jednotlivě/odděleně – tj. nebylo možné ušetřit čas při zadávání uživatelských vstupů, které byly stejné v rámci studie, vyhodnotit statisticky výsledky skupiny laboratorních zvířat atp. Dávkové zpracování je tedy nesporným přínosem. Naopak postrádám v textu jasnou demonstraci toho, na co byl kladen důraz při sestavování dávkové šablony, především kam byly jednotlivé objekty přesunuty, aby došlo k úspoře času a zvýšil se uživatelský komfort. Jasný přehled o uspořádání objektů dává až podrobný vývojový diagram. Studentka modifikovala původní uspořádání zpracování a vytvořila funkční šablonu pro účely dávkového zpracování, přidala obslužné funkce a procedury, které jsou nutné pro zdárný běh a časovou synchronizaci paralelních výpočtů. Přestože implementaci dávkového zpracování bylo zřejmě věnováno značné úsilí, text práce působí spíše stroze. Naopak oceňuji podrobné vyhodnocení experimentu na laboratorních potkanech. Po formální stránce je práce na dobré úrovni, i když struktura práce působí místy nelogicky. Protokol experimentu na laboratorních zvířatech měl být spíše přílohou. Při hodnocení je třeba vzít v úvahu, že téma je poměrně nestandartní, bylo třeba se zorientovat v mnoha netriviálních oblastech a navíc bylo nutné spolupracovat i s externí firmou. Zadání je splněno. Práci hodnotím stupněm C/78 b. a doporučuji k obhajobě.
eVSKP id 93527