POLÁŠKOVÁ, L. Dynamika spotu u obrazů 2D elektroforetických gelů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.

Posudky

Posudek vedoucího

Nedvěd, Jiří

Slečna Lenka Polášková pracovala na své bakalářské práci v průběhu celého roku a pravidelně konzultovala problémy a postup řešení. V průběhu roku byla provedena změna jazyka bakalářské práce na anglický. Studentka si sama vyhledala dostatečný počet zdrojů a sepsala přehlednou rešerši s využitím těchto zdrojů. V práci je podrobně popsán vznik 2D elektroforetických gelů, práce s nimi a také obecné postupy pro zpracování obrazu. Výsledkem programu je spustitelný program nezávislý na Matlabu, který umožní obsluze rychlejší práci s více vzorky o několika obrazech replik téhož vzorku. Program umožňuje automatické vyhledání jednoho zvoleného proteinu ve všech obrazech podle integrální denzity nebo polohy v obraze nebo identického tvaru skvrny. Dále lze ručně srovnávat i jednotlivé spoty (proteiny) libovolně volené obsluhou z jakéhokoli obrazu. Srovnání je vyneseno do grafu s posuvnou srovnávací přímkou a možností vymazání jednoho spotu. Navíc je zde možnost zarovnat poškozený okraj obrazu gelu. Program je v současné době využíván na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity. Studentka splnila plně zadání práce a hodnotím ji známkou A s 97 body.

Navrhovaná známka
A
Body
97

Posudek oponenta

Provazník, Ivo

Studentka Lenka Polášková se zabývala metodami zpracování obrazových výstupů 2D elektroforézy proteinů. Součástí zadání bylo vytvoření programu pro načtení a zpracování obrazů a to i s možností paralelního zpracování výstupů z více experimentů. Text práce je v rozsahu 32 stran bez příloh, obsahuje seznam 16 relevantních odborných pramenů a je psán v angličtině. Po formální stránce je práce standardně zpracovaná s korektní úpravou a konzistentním formátováním. Po odborné stránce je práce dobře koncipovaná, nicméně některé části jsou dosti úsporné. Je škoda, že se autorka zejména více nevěnovala popisu výsledků práce a jejich diskusi. Funkčnost programu je ukázána jen velmi stroze na jediném příkladu, přestože vlastní program dovoluje více možností zpracování. Na přiloženém nosiči DVD bohužel chybí jakékoliv testovací obrazy, na kterých by bylo možné program otestovat pro různé vstupní obrazy. Rovněž by bylo vhodné program ověřit pro různou kvalitu těchto obrazů, neboť právě ta v praxi dosti kolísá. V popisu programu bohužel chybí specifikace vstupních obrazů. Program naštěstí akceptuje standardní formát TIFF bez limitace jeho velikosti, takže alespoň v základním použití jej bylo možné otestovat na náhodně vybraném obrazu z internetových zdrojů. Bylo by vhodné, aby v rámci diskuse k práci u obhajoby autorka krátce program předvedla. Výsledkem předložené práce je užitečný software, který umožňuje zpracování obrazů gelové elektroforézy. Zadání práce bylo v plné šíři splněno.

Navrhovaná známka
C
Body
79

eVSKP id 72858