KOSTOVOVÁ, I. Charakterizace karotenogenních kvasinek pomocí molekulárních technik [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2013.
Cílem práce bylo využití specializovaných molekulárních technik (PCR/DGGE, PFGE) k identifikaci karotenogenních kvasinek, V rámci ověření udržení nadprodukčních schopností mutantních kmenů selektovaných v předchozí práci byly kromě molekulárních technik využívány i kultivační techniky a separační metody (RP/HPLC). Metodicky byla práce poměrně náročná a vyžadovala značnou trpělivost a invenci, poněvadž se jedná o atypické kmeny s vysokým stupněm příbuznosti a minimem podrobnějších informací v databázích i v literatuře. Studentka přistupovala k řešení diplomové práce se zájmem, mimořádně samostatně a iniciativně a projevovala potřebnou laboratorní zručnost. V rámci komplexní a rozsáhlé experimentální práce zvládla řadu optimalizačních experimentů a dílčích kroků, jako jsou izolace DNA z kvasinek, nastavení dílčích kroků PFGE a DGGE, kultivace mutantů na odpadních substrátech a analýza produkčních vlastností. Navíc si poradila velmi samostatně i s interpretací sekvenačních dat a srovnáním s údaji v databázích včetně vyhodnocení příbuznosti kmenů. Při řešení problémů postupovala diplomantka systematicky a průběžně efektivně využívala aktuální informace ze zahraniční literatury i konzultace. Celkově studentka prokázala značnou schopnost řešení i složittějších experimentálních problémů, zájem o řešenou problematiku, schopnost hodnocení výsledků a interpretace i diskuse dat. Výsledky získané v průběhu řešení diplomové práce představují cennou experimentální základnu pro navazující práci. Výsledky byly nebo jsou přijaty k prezentaci na mezinárodních konferencích i v odborném tisku. Vzhledem k výše uvedeným skutečnostem hodnotím celkovou aktivitu diplomantky stupněm výborně (A) a práci doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | B | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Predložená diplomová práca Bc. Ivety Kostovovej sa zaoberá možnosťami využitia molekulárnych techník k charakterizácií karotenogénnych kvasiniek. Práca spĺňa štandardný formát diplomovej práce, je spracovaná na 88 stranách a doplnená 28 stranami príloh. Štylistickú a grafickú úpravu práce hodnotím celkovo veľmi pozitívne, napriek nasledujúcim formálnym nedostatkom: nejednotnosť v uvádzaní citácií, nesprávny vzorec 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA na obr. 7 na strane 18, nejednoznačné pomenovanie oblastí ribozomálnej DNA (napr. oblasť D1/D2 26S rDNA je v práci označená raz ako D1/D2 region inokedy ako LS oblasť, region 5,8S-ITS2 rDNA ako 5,8-ITS2 alebo len ITS2), použitie nesprávnej objemovej jednotky cm-3 namiesto cm3 alebo ml, neplatný odkaz na strane 51 na neexistujúcu kapitolu 4.3.1.5 a pod. V práci oceňujem prehľadné a logické spracovanie výsledkov a množstvo výsledkov, ktoré svedčia o schopnosti autorky prakticky zvládať radu náročných analytických metód. Výsledky uvedené v predkladanej diplomovej práci iste predstavujú cenný prínos pre výstupy a ďalšiu prácu v tejto oblasti. V rámci obhajoby diplomovej práce žiadam diplomantku, aby zodpovedala nasledujúce dotazy: 1. Popíšte podrobnejšie postup prípravy templátovej DNA pre nested PCR – konkrétne uveďte, či bol PCR produkt 1. amplifikačného kroku pred ďalšou aplikáciou nejakým spôsobom prečistený alebo použitý priamo? Zohľadnite tento fakt pri interpretácií výsledkov DGGE D1/D2 oblasti 26S rDNA na obrázku 21 na strane 50. V komentári k tomuto obrázku ďalej uvádzate, že prítomnosť dvoch fragmentov môže byť spôsobená vznikom dimérov primerov. Myslíte si, že táto skutočnosť by sa vzhľadom k veľkosti použitých primerov neprejavila i na klasickej elektroforéze na agarózovom géle (strana 47 obr.18)? 2. Posúďte potenciálny prínos prevedenia DGGE analýzy PCR produktov 1. amplifikačného kroku pre charakterizáciu karotenogénnych kvasiniek. 3. Uveďte výhody a nevýhody techniky DGGE v porovnaní s metódou PFGE a ďalšími molekulárnymi metódami používanými k identifikácií mikroorganizmov.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | A |
eVSKP id 65253