Now showing items 1-20 of 24

  • Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů 

    Trlica, Jiří
    Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. ...
  • Celulární automat v dynamickém prostředí 

    Bendl, Jaroslav
    Tato bakalářská práce se zabývá metodou evoluce celulárního automatu schopného sebeopravy po poškození vlivem externího prostředí. Popisovaná metoda je založená na algoritmu celulárního programování a využívá i principů ...
  • Detection of Correlated Mutations 

    Ižák, Tomáš
    Tato práce zkoumá existující možnosti a metody detekce korelovaných mutací v proteinech. Práce začíná teoretickým úvodem do zkoumané problematiky. Využití informací o korelovaných mutacích je především při predikci terciální ...
  • Evoluční strategie v úloze anotace funkce nukleotidového polymorfismu 

    Šalanda, Ondřej
    Tato práce prezentuje nový přístup k predikci vlivu nukleotidového polymorfismu na funkci proteinu. Cílem je vytvořit nový metanástroj, který pomocí váhového konsensu kombinuje vlastnosti osmi již existujících nástrojů za ...
  • Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu 

    Pavlík, David
    Tato práce se zabývá otázkou predikce změn stability proteinů v důsledku aminokyselinových mutací. Cílem je vytvořit meta-klasifikátor, který bude využívat výsledky predikcí vybraných nástrojů, použít evoluční strategii ...
  • Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů 

    Kadlec, Miroslav
    Tato práce se zabývá predikcí vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu. Cílem je vytvořit konsenzuální prediktor využívající výstupy vybraných existujících nástrojů za účelem zvýšení úspěšnosti predikce. Optimální ...
  • Instrukcemi řízené celulární automaty 

    Bendl, Jaroslav
    Tato práce se zabývá návrhem nového konceptu řízení celulárního automatu založeného na tzv. instrukcích. Instrukci lze chápat jako určité pravidlo ověřující stavy předem definované skupiny buněk v sousedství vyšetřované ...
  • Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA 

    Hon, Jiří
    Současné studie naznačují, že triplexy hrají důležitou roli v mechanismech regulace transkripce, rekombinace DNA a mutageneze a mají proto velký význam pro biologii, biotechnologii a medicínu. Tato bakalářská práce ...
  • Optimalizace zarovnání dat z next-generation sekvenování 

    Šalanda, Vojtěch
    Tato práce přináší optimalizaci nástrojů pro zarovnání sekvenčních čtení, která jsou produktem sekvenačních technik druhé generace. Výsledné zarovnání existujících nástrojů lze ovlivnit různým nastavením parametrů. Za tímto ...
  • Prediction and Analysis of Nucleosome Positions in DNA 

    Višňovský, Marek
    Eukaryotní DNA se váže kolem nukleozomů, čím ovplyvnuje vyšši strukturu DNA a přístup k vazebním mistům pro všeobecní transkripční faktory a oblasti genů. Je proto důležité vědet, kde se nukleozomy vážou na DNA, a jak silná ...
  • Predikce homologních sekvencí proteinů 

    Chlupová, Hana
    Predikce a vyhledávání homologních sekvencí proteinů je jednou z řady důležitých oblastí, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Díky určení homologních sekvencí proteinů k hledanému neznámému proteinu je ...
  • Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárních automatů 

    Brigant, Vladimír
    Tato práce popisuje návrh metody predikce sekundární struktury proteinů založenou na celulárních automatech (CA) - CASSP. Optimální parametry modelu a přechodové funkce jsou získany pomocí evolučního algoritmu. Predikční ...
  • Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu 

    Šalanda, Vojtěch
    Tato práce přináší nový přístup k predikci sekundární struktury proteinů. K existujícím přístupům k této problematice zavádí novou metodu, založenou na celulárním automatu a jeho charakteristických vlastnostech. Hlavním ...
  • Predikce škodlivosti aminokyselinových mutací s využitím metody MAPP 

    Pelikán, Ondřej
    Práce se zabývá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových mutací pomocí metody MAPP. Tato metoda pro svoji činnost potřebuje vícenásobné zarovnání a fylogenetický strom vytvořený pomocí nástrojů třetích stran. ...
  • Predikce vlivu aminokyselinových mutací na sekundární strukturu proteinů 

    Hyrš, Martin
    V této práci zkoumám, jak mutace aminokyselionové sekvence proteinu poznamená jeho sekundární strukturu. Zjistil jsem, že sekundární struktura je vůči mutacím poměrně odolná, některé úseky si udrľí svoji strukturu, i když ...
  • Predikce vlivu aminokyselinových mutací na sekundární strukturu proteinů 

    Kadlec, Miroslav
    Tato práce se zabývá aminokyselinovými mutacemi a jejich vlivem na sekundární strukturu proteinů. Hlavním cílem je dokázat hypotézu, že ačkoliv během evoluce dochází poměrně často ke změnám v primární struktuře bílkovin, ...
  • Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na funkci proteinů 

    Musil, Miloš
    Tato práce se zaobírá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových substitucí pomocí metody fylogenetické analýzy, inspirované nástrojem MAPP. Nezanedbatelné množství genetických onemocnění je způsobeno nesynonymními ...
  • Strojové učení v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu 

    Malinka, František
    Tato práce popisuje nový přístup k predikci vlivu aminokyselinových mutací na změnu stability proteinu. Cílem je vytvořit nový meta-nástroj, který kombinuje výstupy osmi vybraných nástrojů, díky čemuž je schopen svoji ...
  • Strojové učení v úloze predikce vlivu nukleotidového polymorfismu 

    Šalanda, Ondřej
    Tato práce prezentuje nový přístup k~predikci efektu nukleotidového polymorfismu v~lidském genomu. Cílem je vytvoření nového klasifikátoru, který kombinuje výsledky již existujících softwarových nástrojů. Tohoto konsenzu ...
  • Vizualizace genomických rysů transposonů 

    Nétková, Barbora
    Tato práce se zabývá vizualizací genomických rysů transposonů. Vstupní soubor k vizualizaci je typu GFF. Tento typ souboru má pevnou definici a v dnešní době je tento typ souboru běžně používaný k popisu genomů. Přestože ...