Now showing items 1-18 of 18

  • Analýza dat z DNA čipů 

    Vogel, Ivan
    Cieľom tejto bakalárskej práce je popísať technológiu a analýzu komplementárnych DNA čipov. Predstavené sú niektoré algoritmy využívané pri analýze. Podrobnejšie sa venuje problematike zhlukovania dát, predovšetkým rozoberá ...
  • Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů 

    Trlica, Jiří
    Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. ...
  • Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie 

    Vogel, Ivan
    Tvorba fylogenetických stromů je v současnosti běžnou vizualizační metodou na vyjádření evolučních vztahů druhů. Tato práce se soustředí na vysvětlení matematické teorie popisující molekulární fylogenetiku a na návrh ...
  • Detekce genomových variací 

    Beluský, Tomáš
    Vliv variací v lidském genomu je znatelný již při prvním pohledu na člověka, kde se projevují odlišnosti mezi jedinci i celými populacemi. Rovněž chování, nebo pravděpodobnost výskytu určité choroby jsou do značné míry ...
  • Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat 

    Bahurek, Tomáš
    S rapidně stoupajícím množstvím biologických dat stoupá i důležitost biologických databází. U těchto databází je nezbytné objevování znalostí (nalezení spojitostí, které nebyli známé v čase vkládání dat). K získávání ...
  • Klasifikace malých nekódujících RNA 

    Žigárdi, Tomáš
    Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování ...
  • Lokalizace metylačních míst transposonů 

    Kmeť, Miroslav
    Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace ...
  • Optimalizace zarovnání dat z next-generation sekvenování 

    Šalanda, Vojtěch
    Tato práce přináší optimalizaci nástrojů pro zarovnání sekvenčních čtení, která jsou produktem sekvenačních technik druhé generace. Výsledné zarovnání existujících nástrojů lze ovlivnit různým nastavením parametrů. Za tímto ...
  • Porovnání eukaryotních genomů 

    Puterová, Janka
    Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled ...
  • Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu 

    Šalanda, Vojtěch
    Tato práce přináší nový přístup k predikci sekundární struktury proteinů. K existujícím přístupům k této problematice zavádí novou metodu, založenou na celulárním automatu a jeho charakteristických vlastnostech. Hlavním ...
  • Predikce škodlivosti aminokyselinových mutací s využitím metody MAPP 

    Pelikán, Ondřej
    Práce se zabývá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových mutací pomocí metody MAPP. Tato metoda pro svoji činnost potřebuje vícenásobné zarovnání a fylogenetický strom vytvořený pomocí nástrojů třetích stran. ...
  • Predikce transpozonů v DNA 

    Černohub, Jan
    Cílem práce je seznámení se s problematikou uchovávání informace v DNA, provést rešerši na téma transpozony, bioinformatické nástroje a algoritmy, které jsou používány k jejich detekci v nasekvenovaných genomech a vytvořit ...
  • Predikce vazebních míst proteinu p53 

    Radakovič, Jozef
    Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ...
  • Predikce vlivu aminokyselinových mutací na sekundární strukturu proteinů 

    Hyrš, Martin
    V této práci zkoumám, jak mutace aminokyselionové sekvence proteinu poznamená jeho sekundární strukturu. Zjistil jsem, že sekundární struktura je vůči mutacím poměrně odolná, některé úseky si udrľí svoji strukturu, i když ...
  • Predikce vlivu aminokyselinových mutací na sekundární strukturu proteinů 

    Kadlec, Miroslav
    Tato práce se zabývá aminokyselinovými mutacemi a jejich vlivem na sekundární strukturu proteinů. Hlavním cílem je dokázat hypotézu, že ačkoliv během evoluce dochází poměrně často ke změnám v primární struktuře bílkovin, ...
  • Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory 

    Dvořáček, Vojtěch
    Tato bakalářská práce se zabývá rekonstrukcí repetitivních motivů v genomových sekvencích. Motivací jejího vzniku byla potřeba vytvořit automatizovaný nástroj pro charakterizaci telomerických sekvencí v rostlinných genech. ...
  • Vizualizace genomických rysů transposonů 

    Nétková, Barbora
    Tato práce se zabývá vizualizací genomických rysů transposonů. Vstupní soubor k vizualizaci je typu GFF. Tento typ souboru má pevnou definici a v dnešní době je tento typ souboru běžně používaný k popisu genomů. Přestože ...
  • Vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů 

    Hlávka, Ondřej
    V dnešní době je v molekulární biologii velice důležité zkoumat mechanismus regulace genové exprese. Genová exprese je mimo jiné regulována pomocí transkripčních faktorů, které se vážou do specifických sekvencí v regulačních ...