Browsing by Subject "metagenomics"
Now showing items 1-18 of 18
-
Alignment-free Methods for Classification of Metagenomic Data
(Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2016)Metagenomics studies microbial communities by analyzing their genomic content directly sequenced from the environment. In this contribution, alignment-free methods based on word frequency will be introduced. It has been ... -
Bioinformatický nástroj pro klasifikaci bakterií do taxonomických kategorií na základě sekvence genu 16S rRNA
Tato práce se zabývá problematikou automatizované klasifikace a rozpoznávání bakterií po získání jejich DNA procesem sekvenování. V rámci této práce je navržena a popsána nová metoda klasifikace založená na základě segmentu ... -
Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA
Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, ... -
Bipartite Graphs for Visualization Analysis of Microbiome Data
(Libertas Academica, 2016-05-31)Visualization analysis plays an important role in metagenomics research. Proper and clear visualization can help researchers get their first insights into data and by selecting different features, also revealing and ... -
Characterization of Egg Laying Hen and Broiler Fecal Microbiota in Poultry Farms in Croatia, Czech Republic, Hungary and Slovenia
(Public Library of Science, 2014-10-16)Poultry meat is the most common protein source of animal origin for humans. However, intensive breeding of animals in confined spaces has led to poultry colonisation by microbiota with a zoonotic potential or encoding ... -
Characterization of Microbiota Composition and Presence of Selected Antibiotic Resistance Genes in Carriage Water of Ornamental Fish
(Public Library of Science, 2014-08-01)International trade with ornamental fish is gradually recognized as an important source of a wide range of different antibiotic resistant bacteria. In this study we therefore characterized the prevalence of selected ... -
Klasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNA
Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať nástroj, ktorý by bol schopný klasifikovať sekvencie génu 16S rRNA do taxonomických kategórií s využitím vlastností génu 16S rRNA. Vytvorený nástroj analyzuje všetky ... -
Klasifikace bakterií pomocí markerových genů
Cílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací ... -
Klasifikace metagenomických vzorků s využitím číslicového zpracování genomických signálů
Cílem této práce je využití metod sloužících k číselnému zpracování genomických signálů a následná tvorba programu, který pomocí těchto metod, vytvoří vhodnou numerickou reprezentaci metagenomických vzorků, vyextrahuje z ... -
Methods Of Processing Oxford Nanopore Sequencing Data For Metagenomics
(Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2018)The presented paper describes a new method of processing data produced by revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION, which holds a great promise in the field of metagenomics. ... -
Metody pro komparativní analýzu metagenomických dat
Moderní výzkum v environmentální mikrobiologii využívá k popisu mikrobiálních komunit genomická data, především sekvenaci DNA. Oblast, která zkoumá veškerý genetický materiál přítomný v environmentálním vzorku, se nazývá ... -
Nástroj pro predikci atributů životního stylu na základě metagenomických dat z tlustého střeva
Tato práce se zabývá analýzou lidského mikrobiomu na základě metagenomických dat z tlustého střeva. Předmětem zkoumání je zastoupení bakterií na různých taxonomických úrovních v závislosti na životním stylu jedince. Byl ... -
Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem
Táto diplomová práca sa venuje klasifikačným metódam metagenomických signálov, nezávislých na referenčnej databáze, ktoré sú získané sekvenáciou pomocou sekvenátora MinION. Popisuje ako vznik a druh dát, s ktorými sa v ... -
Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics
(Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2016)The rapid development in DNA sequencing techniques brings completely new possibilities into metagenomics research. No longer is the whole metagenome sequencing an issue. On the other hand, this progress lies new demands ... -
Signal Based Processing Of Metagenomic Data From Nanopore Sequencing
(Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2017)The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics due to its low cost, produced long reads and small size, which makes it available ... -
Stool sampling and DNA isolation kits affect DNA quality and bacterial composition following 16S rRNA gene sequencing using MiSeq Illumina platform
(Springer Nature, 2019-09-25)Many studies correlate changes in human gut microbiome with the onset of various diseases, mostly by 16S rRNA gene sequencing. Setting up the optimal sampling and DNA isolation procedures is crucial for robustness and ... -
Succession and Replacement of Bacterial Populations in the Caecum of Egg Laying Hens over Their Whole Life
(Public Library of Science, 2014-12-12)In this study we characterised the development of caecal microbiota in egg laying hens over their commercial production lifespan, from the day of hatching until 60 weeks of age. Using pyrosequencing of V3/V4 variable regions ... -
Vyhledávání enzymů v metagenomických datech
Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať systém, ktorý by bol na zák- lade vstupnej sekvencie enzýmu schopný vyhľadať v metagenomickej vzorke nové enzýmy s rovnakou funkciou. Aby bolo možné garantovať, že ...