Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod

Abstract

Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.

Polymerase chain reaction (PCR) is molecular diagnostic method which allows the identification of lactic acid bacteria used in food industry. In this work species-specific PCR primers (targeted on highly conserved 16S rDNA region) were used for identification of bacteria of species Streptoccocus thermophilus in 10 randomly commercially accessible fermented milk products and for identification of species Streptococcus thermophilus in 25 lyophilisates collected in Culture Collection of Dairy Microorganisms Laktoflora (CCDM, Tábor, Czech Republic). The PCR products (968 bp) were detected using electrophoresis in 1,2 % agarose gel. Bacterial DNA was isolated from crude cell lysates by magnetic carriers P(HEMA co GMA) containing carboxyl groups. DNA was reversibly bind on their surface in the presence of high concentrations of poly(ethylene glycol) (PEG 6000) and sodium chloride. Phenol extraction of DNA was used as control. Streptococcus thermophilus strains were identificated using PCR in all analysed samples.