Fraktál v sekvenci DNA

Abstract

Práce se zabývá hledáním fraktální struktury v sekvenci DNA, která bude vykreslena ve čtverci ACGT. Na počátku jsou rozebrány fraktály obecně a důkladně je probrána konstrukce Sierpinského trojúhelníku deterministickou metodou a metodou chaos game. Následuje kapitola, kde je přiblížena struktura a sekvence DNA. Jsou zde také uvedeny již známé fraktální struktury nacházející se v DNA sekvenci, nebo se jí bezprostředně týká. Dále je uvedena úprava metody chaos game ze Sierpinského trojúhelníku na čtverec ACGT, a do něj bude vykreslena mapa dané sekvence DNA. Do čtverce ACGT se následně vykreslí vybrané sekvence DNA. Obrázky sekvencí se dále zpracují metodami BCM a PSM.

This project is looking for fractal structury in DNA sequence data, which be maped in square ACGT. First, this project is introduced in problematics of fractals and targeted on making of Sierpinski gasket. Second, the project is introduced in DNA and DNA sequence. Next is sketched now known fractal’s structures in DNA sequence data or fractal’s structure closed DNA sequence. Then will changed metod chaos game of Sierpinski gasket to square ACGT, in where will drawen map of DNA sequences. Next, these pictures will processed by Box Counting Method and Power Spectrum Method.