Testování mikrometody izolace DNA z listů, plodů a výrobků z ovoce

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Diplomová práca bola zameraná na testovanie mikrometódy izolácie DNA z listov, plodov a výrobkov z ovocia. Pre analýzu rastlinnej DNA v technologicky spracovaných potravinách boli vybraté džemy. Listy, plody a džemy boli homogenizované s použitím plastového kopistu v lyzačnom roztoku s 2% cetyltrimetylammonium bromidom (CTAB) s prídavkom 2,5M chloridu sodného (NaCl). Homogenáty boli použité pre izoláciu rastlinnej DNA metódou založenej na magnetických časticiach. Boli použité magnetické mikročastice poly(hydroxyethylmethakrylát-co-glycidylmethakrylát) – P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA bola podrobená spektrofotometrickej analýze, kde bola zisťovaná jej koncentrácia a čistota. Následne bola testovaná amplifikovateľnosť rastlinnej DNA v polymerázovej reťazovej reakcii (PCR). Použité boli špecifické priméry pre rastlinnú ribozomálnu DNA - 18S_for a 5,8S_rev (produkt PCR - 700bp), 26S_for a 26S_rev (produkt PCR - 220 bp), 18S_for a 18-S_rev (produkt PCR - 263 bp). Boli optimalizované podmienky PCR a bol sledovaný vplyv dĺžky amplikónu na jeho detekciu. Produkty PCR boli detegované pomocou agarózovej gélovej elektroforézy. Bolo zistené, že z väčšiny listov je možné pomocou zvolených magnetických nosičov izolovať DNA v kvalite vhodnej pre PCR , na rozdiel od plodov. Z väčšiny testovaných džemov bola izolovaná DNA, ktorá sa amplifikovala v PCR s priméry dávajúcimi krátke produkty PCR. Metódu je treba ďalej optimalizovať.
The thesis has been focused on testing of micromethod of DNA isolation from leaves, fruits and fruit products. Jams were selected for the analysis of plant DNA in technologically processed foods. Plant leaves, fruits, and jams were homogenized using plastic copist in a lysis buffer containing 2% cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) with 2.5M sodium chloride (NaCl). Microisolation of plant DNA was performed using poly(hydroxyethylmethacrylate-co-glycidylmethacrylate) – P(HEMA-co-GMA)microparticles. Isolated the DNA concentration and purity were assessed by UV light aborbance using a spectrophotometer. After that, amplification of the DNA was tested in PCR. Primers specific for plant ribosomal DNA: 18S_for a 5,8S_rev (PCR product - 700bp), 26S_for a 26S_rev (PCR product - 220 bp), 18S_for a 18¬S_rev (PCR product - 263 bp) were used. The PCR conditions were optimized and the effect of the amplicon length on its detection was followed. PCR products were detected by agarose gel electrophoresis. It was shown that DNA isolated from almost all of leaves using magnetic particles was in PCR-ready quality in contrary to the fruits. DNA amplified in PCR with primers giving short PCR products was isolated from almost all tested jams. The method must be optimalised, yet.
Description
Citation
BALAŽOVIČOVÁ, N. Testování mikrometody izolace DNA z listů, plodů a výrobků z ovoce [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
Potravinářská chemie a biotechnologie
Comittee
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen) doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen) RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2019-05-31
Defence
1. Diplomantka seznámila členy komise s náplní a cílem diplomové práce.2. Byly přečteny posudky na diplomovou práci.3. Diplomantka akceptovala všechny připomínky oponenta a na všechny otázky odpověděla v plné šíři.Diskuseprof. Márová: K čemu jste ve své práci využívala hybridizaci, k čemu by bylo možné jí dále využít? Je možné rodově specifikovat přímo konkrétní ovoce? Můžete specifikovat, jaký nový cycler jste ve své práci využívala?doc. Diviš: Můžete popsat, jakým způsobem probíhala vizualizace prováděných elektorforéz?doc. Brázda: Uvedla jste, že se jednalo o mikrometodu, jaké množství vzorku jste využívala? Která z využívaných metod izolace DNA dosahovala vyšších výtěžků a čistoty?Po diskuzi následovalo hodnocení závěrečné práce. Diplomantka prokázala výbornou orientaci v dané problematice i schopnost samostatné prezentace získaných výsledků.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO