Show simple item record

DNA Isolation and Analysis Focused on Microorganisms Important in Food Production

dc.contributor.advisorBrázda, Václavcs
dc.contributor.authorČutová, Michaelacs
dc.date.accessioned2019-12-05T15:55:52Z
dc.date.available2019-12-05T15:55:52Z
dc.date.created2019cs
dc.identifier.citationČUTOVÁ, M. Izolace a analýza DNA se zaměřením na mikroorganismy důležité v potravinářství [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.cs
dc.identifier.other121411cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/184087
dc.description.abstractIdentifikace bakteriální DNA se skládá z několika kroků: lyze buněk, izolace a purifikace DNA, precipitace ethanolem a identifikace bakteriálního kmene pomocí PCR, případně i jiných molekulárně biologických metod. Každý krok musí být optimalizován. Nukleové kyseliny lze z buněk s výhodou izolovat pomocí magnetických nosičů. Molekuly DNA jsou na povrch magnetického nosiče navázány na základě elektrostatických interakcí a posléze jsou eluovány do pufru. Cílem práce bude optimalizace jednotlivých kroků identifikace bakteriální DNA: buněčná lyze, izolace DNA, charakterizace pevných magnetických nosičů funkcionalizovaných aminoskupinami pro izolaci nukleových kyselin. Přítomnost DNA v eluátu bude ověřena pomocí gelové agarosové elektroforézy a množství eluované DNA bude stanoveno spektrofotometricky. Kvalita izolované DNA bude bude ověřena její amplifikací s použitím polymerázové řetězové reakce (PCR). Dále je práce zaměřena na studium sekundárních struktur nukleových kyselin – křížových struktur a kvadruplexů. Tyto struktury se podílí na regulaci buněčných procesů a jejich výskyt je spojován s vývojem onkologických a neurodegenerativních onemocnění. Byla provedena analýza genomu in silico u mikroorganizmů významných v potravinářském průmyslu. Sevence genomů mikroorganismů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Pro analýzu byl použit software Palindrome Analyser a G4 Hunter.cs
dc.description.abstractIdentification of bacterial DNA consists from several steps: cell lysis, isolation and purification of DNA, precipitation by ethanol, identification of bacterial strain by PCR or other molecular biology methods. Each step must be optimised. Nucleic acids can be isolated from cells using magnetic particles. The molecules of DNA are bound to the surface of magnetic carriers by electrostatic interaction, and then they are eluted into buffer. The aim of the work will be to optimize individual steps of identification of bacterial DNA: cell lysis, DNA isolation, characterization of solid magnetic carriers functionalized by amino groups for nucleic acids isolation. The presence of DNA will be verified using agarose gel electrophoresis and the amount of eluted DNA will be determined spectrophotometrically. The quality of isolated DNA will be proved by their amplification using polymerase chain reaction (PCR). Furthermore, the thesis focuses on the study of secondary structures of nucleic acids – cruciforms structures and quadruplexes. These structures are involved in the regulation of cellular processes and their appearance is associated with cancer development and neurodegenerative diseases. In silico genome analysis was performed on important food industry microorganisms. The microorganisms genomic sequences were obtained from the NCBI (National Center for Biotechnology) database. The Palindrome Analyzer and G4 Hunter software were used for the analysis.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectMagnetické částice DNA PCR Invertované repetice Kvadruplexycs
dc.subjectMagnetic particles DNA PCR Inverted repeats Quadruplexesen
dc.titleIzolace a analýza DNA se zaměřením na mikroorganismy důležité v potravinářstvícs
dc.title.alternativeDNA Isolation and Analysis Focused on Microorganisms Important in Food Productionen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2019-12-05cs
dcterms.modified2019-12-05-17:32:59cs
thesis.disciplinePotravinářská chemiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav chemie potravin a biotechnologiícs
thesis.levelDoktorskýcs
thesis.namePh.D.cs
sync.item.dbid121411en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.10 14:24:49en
sync.item.modts2021.11.10 13:03:37en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta chemickács
dc.contributor.refereeObruča, Stanislavcs
dc.contributor.refereeFojtová,, Miloslavacs
dc.description.markPcs
dc.type.driverdoctoralThesisen
dc.type.evskpdizertační prácecs
but.committeeprof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D., oponent (člen) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (člen) prof. RNDr. František Krčma, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Miloslava Fojtová, Ph.D., oponent (člen)cs
but.defencePředsedkyně komise představila doktorandku a předala jí slovo. Ing. Čutová má již řadu pracovních zkušeností (2006–2007: IVAX Pharmaceuticals s.r.o. (TEVA) Opava, laborant, 2009–2010: BioVendor, Brno, laborant, 2014–2016: McBride Czech a.s., Brno, laborant fyzikální chemie.) Co se publikační činnosti týče, u 2 publikací ze 3 je prvním autorem. Je spoluautorkou 7 konferenčních příspěvků. Ve své powerpointové prezentaci doktorandka představila výsledky své dizertační práce. Oponenti přečetly své posudky. Oba byly kladné a doporučovaly práci k obhajobě. Oponenti položili řadu dotazů, na všechny dotazy doktorandka uspokojivým způsobem odpověděla. Otázky vzešlé z diskuze jsou bodově uvedeny na přiložených lístcích, které se archivují.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programChemie a technologie potravincs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record