Show simple item record

Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome

dc.contributor.advisorSedlář, Karelen
dc.contributor.authorBarilíková, Lujzaen
dc.date.accessioned2020-06-16T11:59:06Z
dc.date.available2020-06-16T11:59:06Z
dc.date.created2020cs
dc.identifier.citationBARILÍKOVÁ, L. Zpracování unikátních molekulárních indexů bez mapování k referenčnímu genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.cs
dc.identifier.other126827cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/189147
dc.description.abstractHlavným cieľom tejto práce je návrh nového algoritmu k spracovaniu unikátnych molekulárnych indexov bez mapovania na referenčný genóm. O tieto náhodné oligonukleotidové sekvencie neustále vzrastá záujem, pretože uľahčujú rozpoznávať PCR chyby a skresľovanie údajov. Keďže používanie technológií sekvenovania novej generácie neustále rastie, je vynaložené veľké úsilie vyvíjať nástroje pre analýzu produkovaných dát. V súčasnosti sú nástroje na riešenie týchto chýb relatívne časovo náročné a zložité z dôvodu výpočtovo náročného zarovnania. Najdôležitejšie obmedzenie týchto nástrojov spočíva v skutočnosti, že pri spracovávaní duplikátov sú povolené multi-mapované čítania. Tieto čítania sú zvyčajne ignorované, čo môže viesť k zníženiu kvantitatívnej presnosti a spôsobiť zavádzajúcu interpretáciu výsledkov daného sekvenovania. V snahe vyriešiť tento problém je v tejto práci uvedený nový prístup, ktorý umožňuje odhad absolútneho počtu jedinečných molekúl s relatívne rýchlym a spoľahlivým spôsobom.en
dc.description.abstractThe main purpose of this thesis is to design a new algorithm for processing unique molecular identifiers (UMIs) without mapping to a reference genome. These random oligonucleotide sequences are attracting an increasing interest due to its ability to facilitate PCR error and bias recognition. Since there has been a rapid rise in the use of next-generation sequencing (NGS) technologies, great effort has been put into the development of tools for data analysis. At present, tools to solve these errors are usually relative time-consuming and complex due to computationally demanding alignment. The most important limitation of these tools lies in the fact that multi-mapping reads are allowed when processing duplicates. These reads are usually ignored and may lead to a reduction of quantitative accuracy and cause misleading interpretation of sequencing results. In order to solve this problem, a new approach is introduced in this thesis, which allows estimating the absolute number of unique molecules with relatively fast and reliable performance.cs
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectunikátne molekulárne identifikátory (UMI)en
dc.subjectnová generácia sekvenovaniaen
dc.subjectPCR chybyen
dc.subjectduplikátyen
dc.subjectunique molecular identifier (UMI)cs
dc.subjectnext-generation sequencingcs
dc.subjectPCR errorcs
dc.subjectduplicatescs
dc.titleZpracování unikátních molekulárních indexů bez mapování k referenčnímu genomuen
dc.title.alternativeProcessing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genomecs
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2020-06-16cs
dcterms.modified2020-06-19-13:01:38cs
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
sync.item.dbid126827en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 20:13:04en
sync.item.modts2021.11.12 19:48:43en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeDemko, Martinen
dc.description.markAcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
but.committeedoc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (předseda) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (člen) Ing. Martin Lamoš, Ph.D. (člen) Ing. Jakub Hejč (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Hejč položil otázku, co byla Vaše implementace a co bylo převzato? Ing. Škutková položila otázku, jak byly srovnávány nástroje, co bylo bráno jako standard? Jak byla zvolena reference pro UMI-tools? Doc. Schwarz položil otázku, jak byla vytvořena simulovaná data? Ing. Škutková položila doplňující otázku, jaká technologie sekvenování byla simulována? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.jazykangličtina (English)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record